环状RNA在系统性红斑狼疮中的作用研究

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背景系统性红斑狼疮(systemic lupus erythematosus,SLE)是一种以多种自身抗体的产生、补体低下和慢性炎症为主要特征的自身免疫性疾病。T细胞功能异常在SLE疾病的发生和发展中的作用至关重要。SLE发病机制涉及遗传、环境、激素和表观遗传等多种因素。以微小RNA(micro RNA,miRNA)和长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA)为代表的非编码RNA在SLE的发生和发展中的作用得到越来越多的认可。得益于测序技术的发展,近年来的研究证实了另一类非编码RNA-环状RNA在真核生物中的普遍存在。环状RNA的典型特征是它们会形成不具有5’端至3’端极性和多聚A尾的闭合环状结构。环状RNA比线性转录本更稳定。更重要的是,学者发现环状RNA可以吸附miRNA,使miRNA与其靶点隔离,进而抑制miRNA的功能。环状RNA也可通过促进其亲本基因的转录或与mRNA前体剪接相竞争的方式调控基因表达水平。越来越多的证据表明环状RNA在癌症等各类疾病的诊断、发生、进展和预后中的作用。然而,探讨环状RNA在SLE中作用的研究则相对匮乏。目的借助环状RNA芯片技术了解环状RNA在SLE患者T细胞的表达情况,初步筛选SLE患者T细胞中差异表达的环状RNA,并进行验证实验。对差异表达的环状RNA进行T细胞相关功能研究,探讨其可能的作用机制,以初步揭示环状RNA在SLE的发生发展中的作用及作用机制。方法本课题利用环状RNA芯片筛选6例SLE患者和3例健康对照者的T细胞间差异表达的环状RNA。对环状RNA芯片初筛中的2个差异表达环状RNA,hsacirc0045272和hsacirc0000694,借助荧光定量PCR技术,在24例SLE患者和12例健康对照的T细胞进行验证,同时分析差异表达环状RNA的表达水平与SLE患者临床特征之间的相关性。为更好地揭示差异表达环状RNA的功能,本研究同时利用lncRNA芯片筛选上述6例SLE患者和3例健康对照两组T细胞间差异表达的信使RNA(message RNA,mRNA)和lncRNA。对lncRNA芯片初筛中的4个差异表达lncRNA(ENST00000448942、ENST00000440578、uc001ykl.1和TCONS00026993),同样借助荧光定量PCR技术,在24例SLE患者和12例健康对照的T细胞进行验证。为研究hsacirc0045272的功能,设计两个针对hsacirc0045272的短发夹RNA(short hairpin RNA,sh RNA)干扰序列,使用hsacirc0045272-sh RNA慢病毒干扰hsacirc0045272。荧光定量PCR检测干扰效率,并使用干扰效率较高的hsacirc0045272-sh RNA慢病毒构建hsacirc0045272稳定干扰Jurkat细胞株。Annexin V-PE和7-Amino-Actinomycin D(7-AAD)染色后,使用流式细胞仪检测hsacirc0045272干扰对Jurkat细胞凋亡的影响。酶联免疫吸附试验(Enzyme linked immunosorbent assay,ELISA)检测hsacirc0045272干扰对活化Jurkat细胞分泌白介素2(interleukin-2,IL-2)和干扰素-γ(interferon-gamma,IFN-γ)的影响。通过生物信息学分析预测与hsacirc0045272结合的miRNAs以及hsacirc0045272的竞争性内源RNA(competitive endogenous RNA,ce RNA),并结合lncRNA芯片得到的ce RNA表达信息,探讨hsacirc0045272可能的作用机制。荧光定量PCR分析其中两个ce RNA,NM003466(PAX8)和NM015177(DTX4),在hsacirc0045272稳定干扰细胞株的表达,免疫印迹试验(western blot,WB)检测相应蛋白在hsacirc0045272稳定干扰细胞株的表达。双荧光酶报告基因实验分析hsacirc0045272和hsa-mi R-6127的结合以及NM003466(PAX8)和NM015177(DTX4)是否是hsa-mi R-6127的靶基因。为更充分研究差异表达环状RNA的功能,本课题构建了T细胞内差异表达环状RNA与差异表达mRNA的共表达网络。结果本研究借助环状RNA芯片初步筛选发现了127个在SLE患者和健康对照两组T细胞间差异表达的环状RNA(差异倍数≥2倍,P≤0.05),包括55个在SLE病人T细胞中表达升高的环状RNA和72个在SLE病人T细胞中表达下降的环状RNA;荧光定量PCR验证芯片初筛结果发现hsacirc0045272在SLE病人T细胞内表达的降低(P=0.0076),却未发现hsacirc0000694在两组T细胞间的差异表达(P=0.2149)。同时研究未发现SLE病人hsacirc0045272的表达水平与疾病活动度等临床特征间的相关性(均有P>0.05)。lncRNA芯片初步筛选发现了1977个差异表达的mRNA(变异倍数≥1.5倍,P<0.05)。其中,1119个mRNA在SLE病人T细胞中表达升高,858个mRNA在SLE病人T细胞中表达下降。该芯片还发现了869个在SLE病人T细胞中表达升高的lncRNA和1066个在SLE病人T细胞中表达下降的lncRNA。荧光定量PCR验证结果发现ENST00000448942和uc001ykl.1在SLE病人T细胞内表达的降低(均有P<0.05),却并未发现ENST00000440578和TCONS00026993在两组T细胞间的差异表达(均有P>0.05)。荧光定量PCR显示hsacirc0045272-sh RNA2#高达98.4%的沉默效率,因此它被用于hsacirc0045272稳定干扰Jurkat细胞株的构建。与阴性对照组相比,hsacirc0045272沉默组早期凋亡的细胞比例增加(P=0.0268)。而两组间晚期凋亡和死亡细胞比例的差异不具有统计学意义(P=0.1084)。Jurkat细胞活化24小时后,hsacirc0045272沉默组细胞分泌的IL-2水平比阴性对照组升高(P<0.0001)。活化48小时后,hsacirc0045272沉默组细胞分泌的IL-2水平同样比阴性对照组更高(P=0.001)。针对hsacirc0045272,预测得到了744个与其竞争性结合73个miRNA的ce RNA,并结合ce RNA的表达情况,推测了22个mRNA作为hsacirc0045272更可能的ce RNA。荧光定量PCR发现与阴性对照组相比,hsacirc0045272沉默组的NM003466(PAX8)(P=0.001)和NM015177(DTX4)(P<0.0001)的mRNA表达水平均较低。但是,NM003466(PAX8)和NM015177(DTX4)对应的蛋白水平在两组间差异无统计学意义(均有P>0.05)。双荧光酶报告基因实验表明hsacirc0045272可与hsa-mi R-6127结合,同时发现NM003466(PAX8)和NM015177(DTX4)不是hsa-mi R-6127的靶基因。环状RNA-mRNA共表达分析提示环状RNA与mRNA具有高度的相关性。结论本次研究发现了127个在SLE患者T细胞内差异表达的环状RNA、1935个差异表达的lncRNA和1977个差异表达的mRNA,证实了hsacirc0045272在SLE患者T细胞内的表达降低。研究揭示了hsacirc0045272可结合hsa-mi R-6127以及负向调控凋亡和IL-2分泌,但是hsacirc0045272调控凋亡和IL-2分泌的作用机制仍不清楚。hsacirc0045272和其它差异表达的环状RNA在SLE发生发展中的作用及作用机制值得更深入的研究。
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