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目的：研究S100A4、MMP-2和MMP-9在鼻咽癌组织中的表达及其与鼻咽癌临床病理参数的关系及意义。方法：采用免疫组化S-P法检测临床病理完整的72例鼻咽癌中S100A4、MMP-2和MMP-9蛋白的表达，并采用χ2检验分析S100A4、MMP-2和MMP-9与临床病理因素的关系采用Kaplan-Meier法进行生存分析，log-rank法检验差异性，应用spearman等级分析三者之间的关系。结果：（1）S100A4在鼻咽癌组织中的阳性表达率（76.4%）明显高于鼻咽慢性炎（15%），差异具有统计学意义（P<0.05）；MMP-2在鼻咽癌组织中的阳性表达率（69.4%）明显高于鼻咽慢性炎（0%），差异有统计学意义（P<0.05）；MMP-9在鼻咽癌组织中的阳性表达率（77.8%）明显高于鼻咽慢性炎（0%），差异具有统计学意义（P<0.05）。（2）72例鼻咽癌中，S100A4在淋巴结转移中，N2～3期中S100A4蛋白的表达明显高于N0～1期(P＜0.05)；在临床分期中，Ⅲ～Ⅳ期表达水平明显高于Ⅰ～Ⅱ期，差异有显著性；有颅底侵犯的表达水平明显高于无颅底侵犯(P＜0.05)；MMP-2蛋白在淋巴结分期中，N2～3期中的表达明显高于N0～1(P＜0.05)；临床分期中，Ⅲ～Ⅳ期明显高于Ⅰ～Ⅱ期，差异有显著性(P＜0.05)；MMP-9蛋白在淋巴结分期中，N2～3期中的表达明显高于N0～1(P＜0.05)；在临床分期中，Ⅲ～Ⅳ期明显高于Ⅰ～Ⅱ期，差异有显著性(P＜0.05)。（3）S100A4阳性组中位生存时间为47月（95%CI：43.8，50.2），5年生存率为36.4%，而S100A4阴性组中位生存时间为58月（95%CI：55.1，60.9），5年生存率为52.9%（p＜0.05）；MMP-2阳性组中位生存时间为47月（95%CI：44.7，49.3），5年生存率为34%，而MMP-2阴性组中位生存时间为58月（95%CI：53.7，62.3），5年生存率为54.5%（p＜0.05）；MMP-9阳性组中位生存时间为48月（95%CI：46.1，49.9），5年生存率为34%；而MMP-9阴性组中位生存时间为58月（95%CI：51.2，64.8），5年生存率为54.5%，（p＜0.05）。（4）S100A4表达阳性的55例中，MMP-2表达阳性的有47例，表达阴性的有8例，两者呈正相关性(P=0.000，r=0.625)。S100A4表达阳性55例中，MMP-9表达阳性的有49例、表达阴性的有6例，两者呈正相关性(P=0.000，r=0.489)。MMP-2与MMP-9的表达无相关性(P>0.05)结论：（1）S100A4、MMP-2和MMP-9蛋白在鼻咽癌中的表达可作为鼻咽癌恶性程度的参考指标；S100A4、MMP-2和MMP-9蛋白异常表达与鼻咽癌发生有关；（2）S100A4、MMP-2和MMP-9的过表达与鼻咽癌的淋巴结转移及临床分期相关，S100A4的表达与鼻咽癌的浸润生长相关；（3）S100A4、MMP-2和MMP-9阳性表达均与不良预后相关；（4）S100A4与MMP-2、MMP-9表达呈正相关性，MMP-2与MMP-9的表达无相关性。