植物各部位组织中存在有丰富多样的内生菌,内生菌在寄主植物的生长发育过程中起着重要的积极作用。本文以药食两用植物九层塔（Ocimum basilicum L.）为研究对象,对其进行内生细菌的分离、纯化及分子学水平的鉴定,对鉴定后的代表内生菌株进行生理生化测试及各种生物学功能检测,旨在研究药食两用植物内生细菌的遗传多样性和功能多样性。采用不同配方培养基通过稀释涂布法分离获得内生菌,通过连续划线法获得纯化菌株并保存;利用IS-PCR插入序列指纹图谱方法对获得的内生菌进行聚类及遗传多样性分析;通过对内生菌16S r RNA基因序列的测定对内生菌进行分子鉴定及系统发育分析。对已鉴定的各类群代表菌株进行固氮、解钾、溶磷、分泌生长素、产蛋白酶、产铁载体和拮抗植物病原菌等多种生物学功能的测定。筛选出的具有拮抗植物病原菌功能的内生菌采用安捷伦高效液相质谱仪在正负离子两种模式下分别检测其发酵产物中目标抗病脂肽类化合物;生物学功能较强的菌株进行水稻种子萌发及盆栽促生试验。主要研究结果如下:（1）从药食两用植物九层塔（Ocimum basilicum L.）中分离纯化获得48株内生菌,采用IS-PCR插入序列指纹图谱的方法将它们聚为13个类群,分子技术水平的鉴定结果显示13个类群的代表菌株为10个属的13个物种,表明九层塔植株内生菌具有多样性。（2）分离纯化出的内生菌生物学功能具有多样性:13类代表菌株中,9个菌株具有固氮酶活性并通过PCR扩增到固氮基因nif H;10个菌株有解钾功能;8个菌株具有溶磷功能;12个菌株可以分泌生长素;5个菌株有产蛋白酶的活性;6个菌株具有分泌铁载体的能力。（3）获得2株对病原菌Fusarium oxysporum和Rhizoctonia solani具有较好拮抗效果,同时也兼具解钾、分泌生长素、产蛋白酶及铁载体等功能的生防菌株H1401和H4309;通过PCR扩增到生防菌株中的四个抗病相关的基因Itu A、Itu B、Itu C和Itu D;进一步液相质谱检测显示,它们的发酵液中含有与抗病相关的三大类主要脂肽类化合物Surfactin、Iturin和Fengycin。（4）水稻种子萌发以及生长试验结果显示:H1401和H4309在水稻种子萌发及生长方面有促生作用。因此,H1401和H4309可作为潜在的工程菌株加以开发利用。