供应链作为一种参与市场竞争的有效模式，已经在诸如General Motors、Carrefour，易初莲花、海尔等企业中取得巨大成功。但是供应链在给企业带来强大竞争力的同时，也给供应链系统内各节点企业带来了各种各样的风险，而且由于供应链系统内各节点企业相互依赖、相互影响，任何一个环节出现问题，都有可能以“牛鞭效应”的形式波及整个供应链。因此，如何识别供应链系统风险要素，如何评估及控制供应链系统的运行风险，是摆在国内外学术界及企业界的一大难题。 本文从供应链系统风险管理的相关理论阐述出发，借鉴国内外研究成果，从系统论的角度揭示了供应链系统运行风险的形成机理。接着通过对供应链系统风险要素的分析，从战略层风险、管理层风险、业务逻辑层风险等三个方面建立了供应链系统运行风险指标体系，并借助人工神经网络理论，建立了基于BP神经网络的供应链系统运行风险评估模型，并进而借助供应链系统风险预警体系的相关理论，论述了供应链系统运行风险预警体系运作及实施流程。最后，对全文进行了总结，并指出了本文的研究不足及以后进一步研究的方向。