《黄帝内经》与《希波克拉底文集》是东西方古代医学的代表作，自它们之后直到今天，分别产生了发展了两千年的中医学和现代医学，在世界医学并入一统的今天，中医学却仍然沿用着两千年前《黄帝内经》所建构的理论体系。在医学内容、医学理论以及医学思想上，《黄帝内经》与《希波克拉底文集》有同也有异，但显然，致使两种不同体系的古代医学形成今天局面的成分不是同，而是异。它们的差异主要在于是否完成了从自然哲学向自然科学的转变以及医学的实体观是否彻底。对今天的中医学发展来说，我们需要甄别中医学中科学与非科学的成分，对中医的全盘否定和全盘肯定都不是客观评价事物的态度。通过对两部医著的医学内容、医学理论及医学思想的比较，我们可以找出二者异同的所在，探析它们走向不同道路的原因。重新审视《黄帝内经》，挖掘并利用它的医学实践价值是中医学值得探索的地方，也是中西医可以结合在一起共同研究的部分。