肠道微生物对于维持动物机体健康具有重要作用,同时肠道微生物菌群结构也受动物食性等外界环境的影响。研究动物肠道微生物菌群结构可以更好了解动物食性和健康状况。随着分子生物学技术的快速发展,对动物肠道微生物的研究越来越广泛,肠道微生物一定程度上体现动物肠道微生物的状况。白头鹤(Grus monacha)作为一种濒危物种,近几年由于人为干扰等因素,其生存环境受到了破坏。研究白头鹤的肠道微生物菌群结构,对于了解白头鹤的生存状态具有重要价值。升金湖是白头鹤重要的越冬地,有研究发现在越冬不同时期其食性发生了相应的变化。本研究基于16S rRNA V3-V4区对升金湖越冬白头鹤粪便样品微生物菌群进行高通量测序,分析白头鹤肠道微生物菌群结构并构建核心菌群以及不同越冬时期其肠道微生物菌群组成的差异性,探讨越冬白大鹤肠道微生物菌群结构及其时间变化特征,为进一步研究白头鹤越冬生态积累基础资料。本研究共得到白头鹤肠道微生物544260条有效序列,809个OTU。通过序列分析,鉴定到26个门,185个科,284个属。在门水平,占优势三个门为厚壁菌门(Firmicutes,42.3%)、变形菌门(Proteobacteria,19.2%)、放线菌门(Actinobacteria,13.6%),并且存在于所有样品中。在(?)水平上,占比例比较高的科为消化链球菌科(Peptostreptococcaceae, 12.9%),肠杆菌科(Enterobacteriaceae,10.3%),梭菌科(Clostridiaceae,9.2%),动性球菌科(Planococcaceae,6.2%),普雷洛斯菌科(Prevotellaceae,5.7%),微球菌科(Micrococcaceae,4.5%)。而在属水平白头鹤肠道微生物菌群具有丰富的多样性,占优势的菌属为梭菌属(Clostridium,9.2%)、杆菌属(Lysinibacillus,6%)、肠杆菌属(Enterobacter,6%)、普氏菌属(Prevotella,5%)、节细菌属(Arthrobacter,4.2%)。有23个属存在于>90%的样品中,构成了升金湖越冬白头鹤肠道核心菌群,其中含有能够分解纤维素和淀粉的益生菌,例如能够分解纤维素的梭菌属、芽孢杆菌属(Bacillus)、Cellulosilyticum、纤维菌属(Cellulomonas);将木糖分解为短链脂肪酸的节细菌属;可以分解淀粉为麦芽糖,麦芽三糖和葡萄糖的乳杆菌属。另外在属水平,升金湖越冬白头鹤的肠道菌群存在潜在致病菌,例如棒状杆菌(Corynebacterium)、螺杆菌(Helicobacter)、葡萄球菌(Staphylococcus)、链球菌(Streptococcus)等,同时鉴定出人畜共患致病菌,如弯曲杆菌(Campylobacter)、假单胞菌属(Pseudomonas)、志贺氏杆菌(Shigella)等。对升金湖越冬白头鹤三个越冬阶段的肠道微生物菌群的香农-威纳指数和辛普森指数比较分析表明,肠道微生物菌群多样性从越冬前期到中期再到后期呈现降低趋势,未检测出显著性差异。主坐标分析以及微生物组成分析表明,升金湖白头鹤越冬期不同阶段的肠道菌群组成存在差异,主要表现在：越冬前期优势菌门为厚壁菌门、拟杆菌门(Bacteroidetes)、变形菌门,越冬中期优势菌门包括厚壁菌门、放线菌门和变形菌门,越冬后期优势菌门包括厚壁菌门和变形菌门。属水平上,越冬前期含丰富的普氏菌属(Prevotella),其含量从越冬前期到中期再到后期呈现减低趋势；越冬中期含丰富的节细菌属和冷细菌属(Cryobacterium)；梭菌属在越冬后期作为优势菌,其含量从越冬前期到中期再到后期呈增长状态。这个结果表明不同越冬阶段下白头鹤肠道菌群组成不同,其食物变化可能作为一个重要的影响因素。