行政事业单位在我国承担了建造公共设施、维护公共安全、进行公共行政、维持公共教育、完善公共保障等方面的责任，在加强政权建设、促进社会经济发展、改善人民生产和生活条件、维护社会稳定等方面发挥着不可替代的作用。行政事业单位专项资金，是行政事业单位为完成特定的工作任务而向财政部门申请的款项，是履行特定职责的坚实保障。而内部控制作为行政事业单位财务管理的基础，对优化管理机构、规范办事流程、提高资金的规范性和透明度等具有重要意义。从行政事业单位专项资金管理现状来看，各单位内部仍存在对内部控制认识不足，在专项资金使用上“重投入、轻效益”，在专项资金管理上更是存在账务处理不规范、滞留截留套取挪用专项资金等不法行为。因此，各行政事业单位应建立更加完善的内部控制制度，发挥对专项资金的监管作用，提高单位专项资金的使用效益。　　基于此，本文选取内部控制视角，重点对我国行政事业单位专项资金的管理进行研究分析。论文首先明确界定了行政事业单位专项资金的概念、专项资金管理的主要内容，并阐述了专项资金管理与内部控制相结合的内容及必要性。然后，以内部控制为研究视角，以GT行政事业单位为例，从单位层面（即专项资金制度建设情况、机构设置情况、人员组成情况、以及单位信息技术的应用情况等）、业务层面（预算管理业务、资金收支业务等）对专项资金管理进行研究分析，多角度、多层次地揭示专项资金管理中存在的问题及原因。最后，根据前文的分析，构建专项资金一般管理框架，并确立全面风险管理理念、建立健全内控体系、完善绩效评价体系、引入专项项目管理信息系统等具体改进措施，来完善行政事业单位专项资金管理，以保证安全、高效地使用管理专项资金，从根本上解决与公权力相伴而生的腐败问题。　　本文在以下方面有所创新:一是角度创新。当前我国在行政事业单位专项资金管理的研究大多限于外部监管层面，角度单一。本文将内部控制思想贯穿于专项资金管理全过程，提升单位对专项资金管理的重视程度，从根本上杜绝单位腐败行为。二是对策创新。当前我国在行政事业单位专项资金管理的研究比较泛化，缺乏针对性。本文选取GT行政事业单位，从内控方面对其专项资金管理进行案例分析，并针对性提出专项资金管理一般框架及具体改进措施，推动专项资金管理体制机制创新，健全专项资金管理体系，形成保障政策落实的长效机制。