自2011年《刑法修正案(八)》将重大环境污染事故罪修改为污染环境罪,2013年司法解释又明确了污染环境罪认定的具体标准,司法实践中污染环境案件就呈现井喷之势,但实践中适用该解释也产生了许多问题,因此时隔三年两高继续出台了《关于办理环境污染刑事案件适用法律若干问题的解释》(法释[2016]29号,以下简称2016年《环境犯罪解释》),对相关犯罪的定罪量刑标准及有关法律适用问题作了全面规定,进一步加大对环境的司法保护。但是污染环境罪作为一个新罪名,立法设置上存在不完备,司法实践中也暴露出许多问题,基于此,本文以刑法规定为基础、司法解释为视角、各学派观点为参考,对污染环境罪司法适用问题进行研究。本文共分为四个部分:第一部分从污染环境罪的客体出发进行分析。关于立法修改之前的重大环境污染事故罪的犯罪客体,立法上已经颇有争议,修法之后的罪名改为污染环境罪,其犯罪客体是否发生改变?对这个问题的厘清能够帮助理解污染环境罪的本质以及把握污染环境罪与其他罪名的界限。该部分先对学界已有的三种观点进行梳理,并分别评析各观点的优势及不足,结合当今环境犯罪刑事政策,认为污染环境罪所保护的客体不仅是传统意义上的人身、财产安全,也包含生态环境本身的利益,当然,污染环境罪所保护的环境利益,必须是与人类生活、发展紧密联系的利益。之后在理论立场站定的前提下,对司法实践中判断“环境”的范围进行分析,认为污染环境罪保护的“环境”利益主要是指自然的自洁性利益,即法所保护的自然在其自我代谢能力范围内保持其清洁性的利益。实践中沙漠、海洋等人迹罕至之处,只要与人类生活、发展紧密联系,均可以认定为污染环境罪保护的“环境”。第二部分分析污染环境罪的主观方面。本罪主观方面的争议主要有过失说、故意说、双重罪过说以及模糊罪过说四种观点,各个观点相持不下,且各有其立足点。本文先从司法案例中引申出实践中在认定本罪主观方面的混乱,再从解释论的角度对本罪主观方面进行解读,认为故意说是应然之义,最后给出在司法实践中认定污染环境罪行为人主观故意的标准及几种具体情形,并明确污染环境罪的判决书中的说理方式,统一司法适用。第三部分对污染环境罪的污染行为、污染结果的认定、污染物的范围以及客观形态问题进行分析。刑法第338条污染环境罪罪状中规定的是“排放、倾倒或者处置有放射性的废物、含传染病病原体的废物、有毒物质或者其他有害物质,严重污染环境的,”司法实践中认定非法排放、倾倒、处置行为时,应当根据《固体废物污染环境防治法》和《环境犯罪解释》的有关规定精神,对名为运输、贮存、利用,实为排放、倾倒、处置的行为应当认定为非法排放、倾倒、处置行为,可以依法追究刑事责任。对于《环境犯罪解释》中的污染物,主要包括污染物的范围,有毒物质及其他有害物质的认定,危险废物的计算等方面进行厘清。第四部分对污染环境罪的共同犯罪及单位犯罪认定进行分析。实践中单位犯罪认定较少,自然人犯罪认定较多,其原因在于单位犯罪认定困难,标准不统一。实际上单位犯污染环境罪更加普遍,危害性也更大,对于单位犯罪,从“代表单位意志”及“基于单位利益”两方面认定;对于共同犯罪主体范围的认定,应当分为单位内部和委托关系两种情况分别认定。