竞争是市场经济的核心机制,正确处理好政府与市场的关系是充分发挥竞争机制的重要保障。对仍处于转型期的中国,由于对产业政策的深度路径依赖并未完全消除,使得产业政策排除、限制竞争的现象仍然十分突出,严重扭曲了市场竞争机制,也破坏了政府的威信,而现有的机制对此缺乏事前审查。在国际上,事前审查是市场经济国家的通行做法。同时,确立竞争政策的基础性地位也需要落实机制和路径。于是在2016年6月,公平竞争审查制度正式出台,制度明确了全口径审查对象,全面规范政府有关行为。在综合考虑我国经济发展阶段、现行法律法规要求后,采取自我审查和外部审查相结合的模式。确立了原则禁止和例外规定的审查标准,并规定了相关保障措施。该制度的出台是处理好政府和市场关系的需要,对于加快政府职能转变,规范政府行为,推进“放管服”改革,促进产业政策进一步优化都具有重要意义。医药行业关系亿万人民健康,医药产业政策是实现我国医药产业健康发展的重要保障,实践中由于缺乏对医药产业政策的充分规制,导致医药行业行政垄断现象频发,不仅破坏了市场竞争秩序,也损害了广大人民的利益。因而本文探讨了公平竞争审查制度在医药产业政策中的适用。目前我国现行医药产业政策中可能对竞争产生影响的政策,包括:医药产业组织政策中的医药企业兼并重组政策、市场准入政策,医药产业结构政策中的价格管理政策、财税政策、环境保护政策以及对医药产业发展有重大影响的药品集中招标采购政策、医疗保险政策等。通过分析,得出以下结论:第一,根据目前产业发展现状,政策鼓励提高医药产业集中度目前不会形成大企业的垄断,相反还有助于形成规模经济。第二,原料药的准入门槛过高,容易使得大企业取得垄断地位。第三,关于低价药的最高价格控制可能使得现有企业没有积极性提供更多的产品。第四,对生物医药企业的财政支持,会让不属于生物医药的企业遭受不平等的待遇。第五,环保标准过高,也会产生排除、限制竞争的效果。第六,各地卫计委等在招标文件中设置的歧视条款,是典型的行政垄断行为。第七,没有被选入医保目录中的企业,将会面临更大的竞争压力。下一步,应提高公平竞争审查制度的立法层级,制定医药行业的公平竞争审查实施细则;对政策制定机关加强监督,充分发挥竞争执法机构的作用,完善第三方评估机制;明确竞争政策只是政策工具而不是目的,根据医药产业的具体发展情况判断政策的合理性,审查政府社会性行为时不宜强调效率抗辩,医药行业监管机构与竞争执法机构应加强合作交流;进一步细化审查程序,保障制度有效落实。通过对医药产业政策进行公平竞争审查,能够实现产业政策与竞争对策对接,让产业政策在不违背某些更高价值目标的前提下,确保其制定和实施对竞争产生最小损害。