农业经济的发展离不开技术创新，而在农业技术创新体系中农业科研机构不仅是知识创新系统的核心，同时也是技术创新系统、知识传播系统和知识应用系统的重要组成部分，其技术创新能力对于农业经济的持续发展具有重要作用。因此本文对四川省农业科研机构的技术创新能力进行评价具有较强的现实意义。本文在对国内外研究进行综述的基础上，以四川省省属和地市属的42家公益型农业科学研究和技术开发机构为研究对象，对1987～2004年四川省农业科研机构的总体科技投入产出结构进行分析，并与全国农业科研机构的平均水平进行对比，结果显示四川省农业科研机构的投入产出水平与全国水平还有相当大的差距。论文第三部分对农业科研机构的技术创新能力进行重新界定，借鉴生产效率的基本理论进行度量，并对数据包络分析方法(DEA)的基本原理及优点进行详细介绍。第四部分进行实证研究，首先构建了四川省农业科研机构的技术创新能力评价的指标体系，然后基于前面介绍的理论模型，采用Coelli(1996)的数据包络分析专用程序DEAP对数据进行处理，分别从宏观和微观角度对四川省农业科研机构总体的技术创新能力和单个科研机构的技术创新能力进行评价，结果显示：(1)四川省农业科研机构技术创新能力变化呈现出明显的阶段性，并且这种阶段性与农业科技体制改革的步伐基本吻合，同时结果也显示出科技体制改革对省属结构和地市属机构的影响效果是有差异的；(2)在影响四川省农业科研机构TFP全要素生产率指数的因素中，由科技体制等外部因素变动带来的技术进步是最主要的影响因素；(3)在影响技术效率因素中，反映机构运行及管理的纯技术效率的变动并不明显，而由于科技投入不足所引起的规模效率低下才是主要原因；(4)对于省属科研机构而言，增加科技投入是提高技术效率的关键，但对于地市属科研机构而言，仅靠增加科技投入是远远不够的，进一步调整内部的管理机制和科技资源配置方式才是核心；(5)从科研机构的行业效率来看，种植业机构的效率明显高于其他行业。论文最后一部分根据实证的结果找出四川省农业科研机构运行中存在的四个主要问题，在此基础首次用“农业科技生态”的概念来解释运行效率和技术创新能力低下的原因，并提出相应的对策建议。