翼手目(Chiroptera)蝙蝠属于兽类中的第二大类群,是唯一具有飞行能力的哺乳动物,最早出现在5000万年前,目前全球已知的蝙蝠种类超过1200种,广泛分布于地球上的各个角落。蝙蝠被认为是多种人畜共患流行病毒的自然宿主,到目前为止,已经从蝙蝠体内分离鉴定超过180种病毒,这其中有些病毒能引起严重的疾病。尽管我国有针对一些地区的蝙蝠进行采样研究,但是仍不够全面、系统。澳门地区蝙蝠携带流行病毒的情况还未知。澳门是一个国际化都市,人口组成多元化,如果没有有效的防控措施应对突发疫情,局面将会难以控制,因此,调查澳门地区蝙蝠的种群分布和携带病毒的情况十分有必要,可帮助我们认识澳门地区蝙蝠自然携带的病毒种类,为当地蝙蝠源新发病毒的预防和控制提供理论基础。本研究对澳门地区的7个蝙蝠栖息地,进行为期2年的预调查,在这基础上,持续14个月对每个栖息地进行了不连续采样。获得犬蝠、大长舌果蝠、菲菊头蝠、中华菊头蝠、大蹄蝠、日本伏翼、小伏翼、普通长翼蝠、大足鼠耳蝠、扁颅蝠等,共10种蝙蝠的783份粪便样品、220份肛拭样品、和2份尿液样品。对这些样品的流行病学研究结果如下:1.通过PCR检测技术,共从6个物种中检测到50条冠状病毒序列、22条腺病毒序列、2条副粘病毒序列,大部分病毒序列与已知病毒有较高的一致性。检测到的冠状病毒分别与BtCoV1、BtCoVHKU4、BtCoVHKU6、Bt CoVHKU7相关,腺病毒均属于哺乳动物腺病毒,另外,2条副粘病毒序列均与未分类副粘病毒成为一簇。随机挑选207份样品进行了甲肝病毒、戊肝病毒、汉坦病毒筛查,结果均为阴性。在感染率方面,某些病毒的感染率在不同时期有较大的差异。对于冠状病毒,普通长翼蝠(Miniopterus schreibersii)和大足鼠耳蝠(Myotis ricketti)在夏季的被感染率较冬季高。对于腺病毒,相比其他季节大足鼠耳蝠同样在夏季有较高被感染率。另外,在2015年7月采集的大足鼠耳蝠样品中,普遍存在BtCoVHKU6相关病毒与某一株腺病毒的共感染现象。在使用分子生物学的方法进行物种鉴定时,一份原本被误认为是来自大蹄蝠(Hipposideros armiger)的粪便样品通过细胞色素b两段基因鉴定,结果为大长舌果蝠(Eonycteris spelaea)。通过对检测结果的分析表明,澳门地区病毒感染率较高的物种主要有普通长翼蝠、大足鼠耳蝠和扁颅蝠。2.通过RT-PCR扩增技术获得了10条冠状病毒刺突蛋白(Spike protein,S)基因全长序列和10条RNA依赖性的RNA聚合酶(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)基因全长序列,其中有7条BtCoV1A相关病毒序列,3条BtCoVHKU4相关病毒序列,S基因系统发育分析表明,普通长翼蝠的BtCoV1A与菲菊头蝠(Rhinolophus pusillus)的BtCoV1A来自不同物种,但是亲缘关系也很接近,相似度比对分析表明,在S基因区域,HKU4与MERS-CoV相似度较高,而在RdRp区域,HKU5与MERS-CoV相似度较高。利用高通量测序获得了1株HKU4相关全基因组序列,其各个主要基因均与已知病毒序列有较高相似度。本研究用时间进化树进一步阐述了C世系成员的进化距离,结果提示可能仍有多种蝙蝠源患病毒有待发现。