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miRNA(microRNA)是一类对真核生物基因表达起重要作用的非编码小分子RNA,在真核生物多种生物过程中扮演着重要的调控角色。本研究的结果丰富了 miRNA在家禽中的研究,同时为进一步了解影响番鸭繁殖相关基因提供重要参考。本研究以就巢期和产蛋期的番鸭为研究对象,利用NEB multiplex Small RNA Library Prep Set for illumina构建样本cDNA文库,进而利用Hisque 2500 SE50高通量测序技术对番鸭产蛋组和就巢组文库进行上机测序,通过结合生物信息学分析鉴定番鸭卵巢miRNA并进行差异表达谱的分析,利用生物信息学软件预测番鸭就巢组和产蛋组中差异表达miRNA的靶基因并对其功能进行注释。得到结果如下:1.通过Hisque 2500 SE50测序,成功获得了番鸭产蛋组和就巢组卵巢组织小分子RNA。产蛋期样本的原始小RNA序列和大于18nt小于30nt的高质量序列分别为7966848条,6824590条。就巢期样本的原始小RNA序列和大于18nt小于30nt高质量序列分别为9612842条,8242042条。2.就巢期样本和产蛋期样本在序列长度分布上显示了相同的趋势,序列长度分布图均在20-24nt存在一个高峰,22nt的小RNA序列处于峰顶。产蛋期样本中,20-24nt的小RNA占94.1%,就巢期样本中20-24nt的小RNA占91.1%。这表明就巢期样本和产蛋期样本在小RNA序列长度分布上略有差异,但总体趋势一致。3.通过对番鸭就巢组和产蛋组文库特有序列的碱基组成进行分析,两个番鸭卵巢文库中不同长度miRNA序列首位碱基对于碱基U具有很强的偏向性,不同miRNA位点上也表现出了对碱基U偏好。4.生物学分析共检测到372个新的miRNAs,其中344个为保守miRNAs。利用相关软件对检测到的miRNAs进行结构预测。5.106个新miRNAs在就巢状态与产蛋状态下差异表达。与产蛋状态相比,就巢状态下102个miRNA表达上调,其中11个miRNAs属于非保守miRNA,91个miRNAs属于保守miRNAs,4个miRNA表达下调,其中3个是保守miRNAs,1个为非保守miRNAs。6.372个新miRNAs能预测到靶基因的miRNA数为284,预测到的靶基因数目为10685。番鸭就巢组和产蛋组中106个差异表达miRNA共预测到5039个靶基因。GO与KEGG Pathway分析表明,差异表达miRNA的靶基因与番鸭多种生理过程明显相关,提示这些差异表达miRNA的靶基因可能参与番鸭的就巢过程。本论文对番鸭就巢期和产蛋期卵巢组织miRNA差异表达模式进行了研究,结果显示miRNA在番鸭就巢过程中可能发挥着重要的调节作用,丰富了 miRNA数据资料,为进一步探讨影响番鸭繁殖性能的分子调控机制奠定基础。