纵观人类发展历史，每次社会生产力的进步变革无不是创新的推动起着决定性的作用。从目前创新系统的研究来看，对宏观的国家创新系统、区域创新系统和微观的企业创新系统的研究都已趋于成熟，但是对于目前占有我国六成国内生产总值的县域经济体的创新系统的研究，却还比较少。我国县域经济体长期以来的粗放式发展，随着“发展县域经济”、“提高创新能力”等发展战略在我国“十一五规划”中的提出，迫切需要通过创新能力的提升实现经济增长方式的转变、产业结构的优化调整，县域经济体创新能力的提高必将成为我国县域经济发展的重要推动力。 本研究从进行县域经济体创新系统研究的基础理论入手，建立县域经济体创新系统理论框架，探索县域经济体创新系统的运行机制，分析了县域经济体进行创新活动的主体（企业、科研、教育培训和中介服务机构、政府）和环境（自然环境、社会文化环境、制度环境、宏观经济环境），并以此为基础，构建了县域经济体创新能力评价指标体系。基于此评价指标体系，选取福建省泉州地区的县域经济体作为实证研究对象，运用因子分析法进行评价分析，将县域经济体创新能力分为三个主因子（创新环境因子、创新科技因子、创新保障因子），得出县域经济体各主因子及综合创新能力的得分和排序，根据各县域经济体创新能力在三个主因子上的表现，提出了相应的提升县域经济体创新能力的对策建议。