两种淡水蚌抗旱反应的转录组差异分析

来源 :上海海洋大学 | 被引量 : 5次 | 上传用户:oliver777
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近几十年来,美国东南部遭受了反复的干旱气候。水资源需求的增加以及伴随着的降水减少对美国东南部的水生生物群产生了加剧的压力,而这一地区又是贝类,淡水虾以及鱼类多样性的全球热点区。淡水珠蚌是一种用于研究生态生理学和行为学之间联系的理想候选物种。以前的工作表明在几种贝类中存在一种生理和行为之间的梯度关系,例如不耐旱的物种Pyganodon grandis (giant floater)在遇到干旱时会沿着渐退的水流移动,基本不会挖穴固着;而耐旱的物种Uniomerus tetralasmus (pondhorn)则基本不会移动而是直接轻松的挖穴固着在干燥的沉淀物中。我们运用以下一代测序为基础的转录组测序技术来检验高温干燥在这两种物种中所诱导的转录组变化来鉴定基因表达,生理和行为之间的联系。测序共产生了超过425百万条100bp的短片段。通过使用组装软件Trinitiy,我们在Pyganodon grandis (giant floater)中获得了321,250条长片段(平均长度835bp),在Uniomerus tetralasmus (pondhorn)中获得385,735条长片段(平均长度929bp)。以BLAST为基础的基因注释和基因表达分析在floater中发现2,832个差异表达基因,在pondhorn中2,758个差异表达基因。转录组的反应包括在分子伴侣、氧化应激、细胞周期、能量代谢、免疫力和细胞骨架重组方面的基因变化。通过物种间的比较分析,我们发现在不耐旱物种floater中分子伴侣和细胞骨架重组相关基因较耐旱物种pondhorn有显著的诱导,以及调控细胞死亡和免疫力相关基因之间的重要差别。
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