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目的探寻骨形态发生蛋白9(bone morphogenetic protein-9,BMP-9)表达与乳腺癌患者预后及其他临床资料的关系,筛选出与BMP-9表达相关的长链非编码RNA(long non-coding RNA,LncRNA),为探寻BMP-9影响乳腺癌患者预后的机制提供实验依据。方法通过Kaplan M和BC-GenE数据库对乳腺癌患者临床资料进行分析。用微阵列芯片技术分别检测过表达BMP-9的乳腺癌MDA-MB-231细胞(MDA-MB-231/BMP9)和对照组细胞(MDA-MB-231/GFP)中lncRNA表达谱的变化,并通过实时荧光定量PCR(Quantitative Real-time PCR,q-PCR)在过表达BMP9组和对照组细胞中对筛选获得的部分lncRNA进行验证。对表达水平发生变化的lncRNA所涉及功能及通路通过DAVID数据库进行分析。结果BMP9高表达和低表达组乳腺癌患者无复发生存期整体比较差异具有统计学意义(P<0.05);BMP9表达量与乳腺癌患者年龄和分子亚型有关(P<0.05),与受体类别、淋巴结状态、SBR组织学分级、是否基底细胞样/三阴性乳腺癌无关(P>0.05)。BMP9过表达乳腺癌细胞中lncRNA表达谱较对照组发生明显变化。Q-PCR验证表明,LINC00461、IQCA1、LOC440173、ANKRD36BP2和LHFPL的表达水平下调(P<0.05),LINC00638、LINC00486和LINC00443的表达水平上调(P<0.05)。差异表达lncRNA参与了细胞组分如胞膜和骨架等的形成,或作为细胞间信号分子发挥信号转导等作用。结论BMP9高表达的乳腺癌患者组较BMP9低表达组预后更好,并且BMP9表达量与年龄和分子亚型有关。LncRNA表达水平在MDA-MB-231/BMP9组中较MDA-MB-231/GFP对照组出现显著变化,提示lncRNA可能在BMP-9影响乳腺癌患者预后的过程中发挥作用。