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目的:分析慢性牙周炎患者和牙周健康者唾液微生物群落结构特点及差异,探寻慢性牙周炎可疑致病菌,为牙周病的细菌病因学发病机制提供一定的实验依据。方法:按照第三次全国口腔流行病学调查标准采集样本,在甘肃临夏地区筛选出24个慢性牙周炎患者唾液样本和23个牙周健康者唾液样本,分别标记为P组(慢性牙周炎患者唾液样本)和H组(牙周组健康者唾液样本)。提取细菌总DNA,检测并通过PCR扩增目的片段V4V5区,采用GS 454 FLX+测序,优化所得序列(删除嵌合体和错误序列),然后应用Qiime、MOTHUR、RDP、NCBI、MEGA等软件进行相关的生物信息学分析。结果:(1)P组和H组两组唾液样本共得到2272个OTUs,归属于13个门,22个纲,39个目,80个科,159个菌属;(2)P组和H组共检测出13个菌门分别为:厚壁菌门(Firmicute)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(cteroidetes)、梭杆菌门(Fusobacteria)、互养菌门(Synergistetes)、衣原体门(Chlamydiae)、绿弯杆菌门(Chloroflexi)、螺旋体门(Spirochaetes)、柔壁菌门(Tenericutes)、GN02、SR1以及TM7菌门。其中优势菌门(OTU检出率>1%)为放线菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、梭杆菌门和TM7,对菌门丰度进行秩和检验,发现13个菌门在两组之间的差异均无统计学意义(p>0.05);(3)P组和H组中共检出11个共有优势菌属,分别为放线菌属(Actinomyces,P:3.94%,H:3.66%)、卟啉单胞菌属(Porphyromonas,P:4.33%,H:4.13%)、普氏菌属(Prevotella,P:6.96%,H:3.60%)、孪生球菌属(Gemella,P:4.70%,H:5.56%)、颗粒链球菌属(Granulicatella,P:4.54%,H:7.90%)、乳杆菌属(Lactobacillus,P:4.11%,H:1.67%)、链球菌属(Streptococcus,P:36.35%,H:36.84%)、梭杆菌属(Fusobacterium,P:4.42%,H:3.52%)、纤毛菌属(Leptotrichia,P:1.47%,H:1.32%)、奈瑟菌属(Neisseria,P:8.86%,H:12.68%)和(口动菌属)劳特罗普氏菌属(Lautropia,P:1.59%,H:2.36%);(4)在两组之间有差异的菌属共有31个,其中韦永氏球菌属、颗粒链球菌属、陌生菌属、隐秘小杆菌属、拟杆菌_[G-3]、光岗氏菌属、毛螺旋菌_[G-5]、沙特尔沃思菌属、微单胞菌属、消化链球菌_[XIII][G-1]、厌氧球形菌属、农杆菌属、奥托氏菌属和TM7_[G-5]在P组OTU含量相对高,而且韦永氏球菌属和颗粒链球属是优势菌属;(5)在RDA分析中属梭菌目_[F-3][G-1]和毛螺旋菌科_[G-6]与牙周病致病菌成正相关,且其OTU含量<0.01%。结论:(1)慢性牙周炎和牙周健康人口腔唾液微生物群落结构存在一定异同;(2)慢性牙周炎和牙周健康人口腔唾液微生物菌门丰度不同但种类可能恒定;(3)慢性牙周炎和牙周健康人口腔唾液微生物中可能存在“口腔核心微生物组”;(4)在慢性牙周炎组中OTU含量<0.01%的菌属可能会影响整个口腔唾液微生物群落结构,尤其是梭菌目_[F-3][G-1]、毛螺旋菌科_[G-6]。