选择压力是驱使群体遗传分化的主要驱动力。不同的选择压力可能导致群体不同的分化方向，对群体的影响也会有所不同。鲤（Cyprinus carpio L.）在经历长期的养殖驯化过程中，会承受较强选择压力，特别是人工选择压力。近期关于线粒体DNA和微卫星分子标记的选择压力分析备受关注，并且已有一定的进展。但人工选择压力是怎样影响群体遗传分化还有待于研究。本论文应用三种方法对2个鲤野生群体和4个选育群体进行遗传多样性、群体结构、选择压力分析研究。具体内容为：1、鲤选育与野生群体选择压力的微卫星标记分析通过微卫星标记分析，对2个长江鲤野生群体（长江下游江苏扬州江段，长江中段湖北石首江段）和4个选育群体（兴国红鲤，荷包红鲤，玻璃红鲤，建鲤）进行遗传多样性和遗传分化分析，进而探讨选择压力对群体遗传分化的影响。结果显示，与野生群体相比较，选育群体表现为较低的遗传多样性、较高的近交系数和群体间遗传分化，以及群体内较严重的连锁不平衡现象。说明在选育期间，强烈的选择压力作用于选育群体。发现在分析的10微卫星位点中，选育群体有5个位点处于正向选择，而野生群体未检测到正向选择压力，处于自然环境下的平衡净化选择。较强的选择压力（包括人工选择压力）致使鲤选育群体与野生群体间遗传分化显著。2、鲤选育与野生群体选择压力的线粒体D-loop区序列分析通过线粒体DNA的D-loop区序列分析，发现：较野生群体，选育群体的遗传多样性较低、群体内近交系数较高、群体间遗传分化较为明显。选育群体的单倍型数目较野生群体少，且一部分单倍型来源于野生群体，每个选育群体的单倍型类型不同，其单倍型分布显示出明显的极化现象。说明4个选育群体在人工选育过程中受到了强烈选择压力影响，不同的选育方法（选择压力）导致不同群体的分化方向差异极大。3、鲤群体MHC II类β基因的分析研究这一部分对6个鲤群体的MHC II类基因的第2外显子和2个相邻的内含子序列进行克隆、测序和选择压力检测。遗传多样性分析显示，选育群体与野生群体间并不存在显著的差异；遗传分化分析显示，荷包红鲤与其他鲤群体的分化极为显著；选择压力位点检测显示，除长江中部野生群体可能受到中性选择外，其他群体大部分的位点受到了净化选择作用。这个结果与微卫星分析和线粒体序列分析有所出入。推测是因为在养殖和自然进化过程中，MHC基因由于对免疫反应极敏感，在选择压力驱动下变异较多，导致不同群体的针对这一基因的遗传差异不明显。