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湖南作为牡丹自然分布地之一,有着上千年的培植历史。在长期的自然选择中,湖南本土牡丹形成了耐高温、高湿的优良特征,但由于湖南牡丹花期雨水与病虫害较多,导致成花率与结实率低,再加上其以油用为主,观赏性资源相对匮乏,使得牡丹在湖南的发展比较缓慢。本实验以18份湖南本土牡丹品种与11份形态学性状与湖南本土牡丹相似的省外牡丹品种作为实验材料,采用ISSR分子标记技术对29份供试牡丹遗传多样性与亲缘关系进行了研究,为理清湖南本土牡丹种质资源提供了理论基础,为杂交与优良品种选育确定了方向。主要研究结果如下:(1)利用PopGen32软件分析得出:供试牡丹PPB为95.73%、Na为1.9573、Ne为1.3427、H为0.2202、I为0.3546,湖南本土牡丹PPB为81.10%,综合说明湖南本土牡丹资源遗传多样性较高。(2)通过分析聚类图得出:当阀值为0.74时,供试牡丹分为5大类,第1大类共有6个品种,包括‘凤丹白’、‘凤丹星’、‘凤丹粉’、‘凤丹紫’、安徽凤丹、‘凤丹’,其花色除‘凤丹粉’与‘凤丹紫’为粉色与紫色外都为白色,花型都为单瓣型,其中‘安徽凤丹’与湖南本土凤丹聚为一类,说明它们之间的亲缘关系比较近;第2大类共有5个品种,包括‘凤丹绿’、‘凤丹玉’、‘凤丹绫’、‘凤丹舞’、‘杨山牡丹’,其花色都为白色,花型为单瓣型;第3大类共有8个品种,包括‘宁乡红’、‘宝庆红’、‘宝庆粉’、‘郦家香’、‘肉芙蓉’、‘紫绣球’、‘湘绣球’、‘永顺粉’。其中‘肉芙蓉’与湖南本土牡丹聚为一类,说明它们之间的亲缘关系比较近;第4大类共有7个品种,包括‘四川紫绣球’、‘四川紫粉’、‘彭州紫’、‘洛阳红’、‘太平红’、‘湘紫斑’、‘红莲’,其中‘湘紫斑’与西北紫斑牡丹‘红莲’聚的近,说明湖南本土紫斑牡丹与西北紫斑牡丹亲缘关系比较近;第5大类共有3个品种,包括‘粉荷’、‘洪海银波’、‘书生捧墨’,这3个西北牡丹与湖南本土牡丹相聚最远,说明它们之间的亲缘关系最远。综合结果表明湖南本土牡丹品种间的亲缘关系较省外牡丹品种更近,它们之间的遗传差异比较大。