新结构肽核酸的设计、合成与亲和性研究

来源 :中国人民解放军军事医学科学院 | 被引量 : 0次 | 上传用户:yoyoyu2008
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1991年,肽核酸PNA(Peptide nucleic acid)首次出现。PNA是DNA的模拟物,人工合成的化合物。在PNA中,DNA的磷酸二酯桥被N-(2-氨基乙基)-甘氨酸替代。用于体内研究,PNA有以下几个方面的优势:(1)对抗核酸酶、肽酶的良好生物稳定性;(2)与互补DNA、RNA的高亲和性和高特异性;(3)与血浆中物如蛋白等的非特异性作用低;(4)合成方便。限制PNA应用的主要因素就是其在水中的溶解度不够理想,另外,PNA手性的缺失,可能是其与互补DNA序列结合时方向选择性差的原因。PNA的单体是由甘氨酸起始合成的,所以很自然可以用其它的氨基酸替代甘氨酸进行PNA的改造和修饰。许多课题组对改善PNA的手性进行了研究,如在PNA末端引入其它手性氨基酸、多肽或寡聚核苷酸,或用手性氨基酸替代PNA中甘氨酸的骨架,以使新结构的PNA在与互补DNA作用时,具有平行和反平行方向的识别能力。 反式-4-羟基-L-脯氨酸可以通过化学手段很容易得到其四种立体异构体,且其吡咯烷环能巧妙地模拟DNA的脱氧核糖环结构,已经被成功的用于结构限制性PNA单体合成的起始原料。我们课题组采用反式-4-羟基-L-脯氨酸为起始原料,先后设计、制备了两种类型的手性结构限制性的PNA单体:aepPNA(aminoethylproplyPNA)和ampPNA(aminomethylpyrrolyPNA)。在aepPNA和ampPNA中,天然碱基(A、T、C、G)均是直接连于吡咯烷环的4-C上。在由新手性单体构建的同聚物aepPNA T10-Lys-NH2,aepPNA A12-Lys-NH2,ampPNA T10-Lys-NH2和ampPNA A10-Lys-NH2中,只有aepPNA A12-Lys-NH2和ampPNA A10-Lys-NH2与互补的DNA序列有结合。我们推测造成aepPNA和ampPNA杂交性质因碱基不同而异的原因,可能是与构成寡聚物单体的骨架刚性太强有关。为了验证这种推测,我们设计了第三个新结构PNA类似物:apmPNA(aminopyrrolymethylPNA)。从化学结构上而言,apmPNA与aepPNA和ampPNA有两点明显的区别:(1)碱基的连接方式。在aepPNA和ampPNA中,碱基均是直接与吡咯烷环连接;而在apmPNA中它是通过一个亚甲基桥与毗咯烷环连接。(2)连接碱基的碳原子的性质。在aePPNA和amPPNA中是手性的,而在apmPNA中则是非手性的。通过这些改动会为即mPNA骨架增加一定的柔韧性,使即mPNA在与互补DNA作用时,更有利于构像的调整,便于结合。同时,apmPNA保留了aepPNA和ampPNA中的叔胺结构,它的存对提高apmPNA的水溶性非常有帮助。 本论文以反式一4一轻基一L一脯氨酸为起始原料,选择合适的保护策略,合成了四个含有天然碱基(胸腺嚓睫T、胞嗜睫C、腺镖吟A、鸟嚓吟G)、Boc-保护的、适于固相多肤缩合反应的新结构肤核酸单体以及14个中间体。所有未知化合物,通过相应的质谱(队B一Ms)、核磁共振(’HNMR,‘H一IHeosY,HMBC)、红外(IR)以及元素分析的鉴定。 以合成的新结构单体为基本单元,采用固相多肤缩合的方法,制备了3个apmPNA序列:Tl。一Lys一H:,Lys一AS一Lys一NHZ, ASGAZ一Lys一H:和两个插入原始aegpNA(aminoet场lglyeylpNA)的序列:T*3tT*4一LysNHZ,(T*t)4一Lys一NHZ (T*:aegPNA单体;t:apmPNA单体)。经凝胶层析和RP一HPLc纯化后,通过质谱鉴定为所需目标产物。 通过紫外熔解曲线和’H NMR的测定,对所合成的3个apmPNA序列和两个插入原始aegPNA的序列与互补DNA的亲和性进行了研究。3个apmPNA序列一Tl。一琢s一NHZ,Lys一As一琢s一H:,ASGAZ一Lys一NH:与相应的互补DNA均无结合:两个插入原始aegPNA的序列一T*3tT*4一切s一NH:,(T*t)’一Lys一NH:(T*:aegPNA单体;t:arnpPNA单体)中,只有T*3tT、一Lys一H:与互补DNA有结合(Tm二犯℃),其热稳定性低于相应的aegPNAT*8一切s一NHZd AS(Tm二42℃)。这一结果表明:(l)新结构肤核酸骨架柔韧性的增强,不能改善其与互补DNA的亲和性。造成aepPNA和amppNA杂交性质因碱基不同而异的原因,不仅仅与骨架的刚性有关,有待更深入的研究。(2)apmPNA单体插入到原始aegPNA序列中后,使序列骨架的一致性造到破坏,引起Tm明显降低。插入4个apmpNA单体后的序列与互补DNA则不再有结合,说明这种破坏是有加和性的。
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