毕沅的《山海经新校正》具有重地理考证、重实地考察、征史求全求备、重音韵考证等特点。毕沅以辨析史料、实地考察与文献互证、运用音韵学知识等方法注解《山海经》,解决了许多地理问题。但同时亦存在轻类书、随意运用音转理论及方法等问题。毕沅注解《山海经》与他所生活的乾嘉时期的学术风气、其学术师承以及仕历、幕府交游有密切关系。乾嘉时期的学术以训诂和考据为主流,毕沅亦长于考据,故以考据眼光审视《山海经》,认为此书是信而有征的地理学著作。毕沅以史学通地理的学术理念和考证方法多源自惠栋。多地为官仕历以及兴修水利等经历使毕沅能以实地考察来注解《山海经》。毕沅与长于考据的幕府宾客交往亦对《山海经新校正》的形成产生了一定影响。毕沅的《山海经新校正》对其幕府宾客和其他学者产生了重要影响。郝懿行的《山海经笺疏》、袁珂的《山海经校注》于篇目及地理考证多沿袭毕沅的结论。小川琢治等人研治《山海经》亦多强调于毕沅成果入手。当今之《山海经》的相关研究,尤其是篇目及地理研究亦须参考毕沅成果。毕沅的《山海经新校正》在《山海经》学术史上产生了重要影响,具有举足轻重的学术地位。