刑事诉讼程序的运作既要有利于打击犯罪,又要有利于保障人权,这是现代刑事诉讼的基本理念,而权益保障乃现代刑事诉讼之灵魂。在整个刑事诉讼过程中,处于被追诉地位的犯罪嫌疑人很容易受到国家公权力的侵犯,其权益有可能得不到有效的保障。因此,保障犯罪嫌疑人的合法权益在我们这样一个“有罪推定”、“重实体,轻程序”等法律观念根深蒂固的国家,就显得特别重要。我国的以检察监督为主的侦查控制方式本身就存在重大缺陷,导致犯罪嫌疑人的权利难以得到切实有效的保障。因此,应进一步扩大和保障犯罪嫌疑人的权益,以最大限度地维护诉讼公平和正义。本文从这一目的出发,对于我国目前侦查阶段犯罪嫌疑人的权益保护问题进行了较为深入的研究。通过对侦查程序中犯罪嫌疑人权益保障的概述,进而对比两大法系不同的侦查模式对犯罪嫌疑人权益保障的影响,并探讨了我国侦查模式对犯罪嫌疑人权益保障现状及问题,最后针对我国侦查程序中对犯罪嫌疑人权益保障的不足,提出了完善我国侦查程序中犯罪嫌疑人权益保障的具体措施,如在程序方面,赋予讯问嫌疑人时申请律师在场的权利、嫌疑人的有限沉默权、保释权以及嫌疑人有获得司法救济的权利；在制度方面,改革现行侦查构造,真正确立犯罪嫌疑人的当事人地位,严禁刑讯逼供、确立无罪推定原则；引入有限的司法审查机制；强化监察机关对侦查程序的监督等。