滚环扩增技术在SNP及甲基化检测中的应用

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滚环扩增技术源自于自然界病原生物体的滚环复制方式,现在发展成为两种高效的体外核酸扩增技术,即单引物介导的线性滚环扩增技术和多引物介导的指数滚环扩增技术,既能够对特定的DNA序列进行直接扩增,也可以对基因组模板进行全基因组扩增。和通常的PCR扩增技术相比,滚环扩增技术具有下列特点:(1)模板为封闭环状单链;(2)利用特定的DNA聚合酶所具有的链置换活性、高保真性及稳定性,能够持续数十个小时高效地催化DNA的合成;(3)滚环扩增技术不仅能直接检测特定的核酸分子,而且还能实现对靶核酸的信号放大,其灵敏度能达到1个拷贝的核酸分子。滚环扩增技术具有高特异性、高灵敏度、高扩增效率以及操作简单等优势,与具有通量高、高速快捷等优点的生物芯片技术相结合,为同时对多个样本进行多基因的扩增提供了可能。 SNP即单核苷酸多态性标记,主要指由基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性,包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入和缺失等。SNP (1)可以作为遗传图谱用于致病基因的搜寻;(2)可用于进化和种群多样性的研究;(3)可用作标记研究癌细胞的染色体缺失以及基因的杂合缺失;(4)与人类的各种遗传特征直接相关。SNP分布广泛、数量众多,亟待开发快捷经济的检测手段对其进行检测。现在,实验室现在所采用的比较成熟的检测技术是在丙烯酰胺芯片上对PCR产物进行分型检测,但只能同时进行单位点多样本的检测。通过对特定的目标序列设计特异性环探针,来实现对多样本多位点的同时在片检测。同时,降低了单个位点的检测费用并提高了检测的灵敏度。 DNA甲基化是一种表观遗传现象,在细胞分化、发育及增殖过程中起着十分重要的作用。肿瘤细胞中基因组总体甲基化水平的降低和某些基因启动子区发生过甲基化是肿瘤最早、也是最常见的分子改变之一。异常DNA甲基化的检测可以作为肿瘤诊断和预后的一个有用的分子标记。在实验中,利用甲基化敏感酶的特性,检测待测位点处甲基化状态,利用滚环扩增具有信号放大的特征,实现对特定甲基化位点甲基化状态在芯片上的检测。
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