非营利组织在我国社会经济发展过程中所承担的角色越来越重要,它和政府一起为社会提供服务,但相对政府而言,它是更能贴近社会的公益性团体。为了更大程度上发挥非营利组织的社会效用,需要提高该组织的运营效率和改善经营管理。但是随着社会的多元化发展,一些在营利组织中经常出现的问题,也频频出现在非营利组织当中,而且这些问题呈现出日益严重的趋势。比如近年来,郭美美事件、2011年上海市卢湾区红十字会的天价餐费事件、武汉红十字会违规出租救灾仓库、儿慈会洗钱风波等事情接连发生。非营利组织频繁地出现问题,已经使它的廉洁罩上了浓重的疑云,组织内部管理不善已经成为制约非营利组织发展的突出问题。因此,必须采取各种有力措施着力解决非营利组织的公信力问题,维护其公益性的基本声誉。切实加强内部控制,正是从源头上解决问题的重要措施之一。本文以企业内部控制理论为基础,结合非营利组织自身的特点,总结非营利组织内部控制制度中存在的问题。由于非盈利组织数据难以搜集,本文主要以高校和基金会如红十字会和壹基金为例,引用比较有社会争议的案例和数据,总结共性问题,并归纳总结,主要从内部控制要素中的控制环境、控制活动、信息与沟通及监督四个方面披露非营利组织内部控制存在的缺陷。在阐述如何改进和完善非营利组织内部控制制度时,结合案例及数据,提出一系列具有普遍适用性的措施,这将对非营利组织内部控制制度的完善起到借鉴作用。本文共包括以下六个部分：第一部分,绪论。主要是介绍我国非营利组织内部控制的研究背景及意义、采用的研究方法及国内外研究现状。第二部分,非营利组织内部控制制度的理论基础研究。本部分引入政府失灵理论及合约失灵理论作为理论支持,了解非营利组织特性、所承担的责任重大性,有助于进一步理解非营利组织内部控制制度存在的问题。第三部分,我国非营利组织内部控制制度概述。本部分界定了我国非营利组织的范围,结合内部控制相关研究,界定我国非营利组织内部控制的内容,并对非营利组织内部控制目标进行分析。第四部分,我国非营利组织内部控制存在的问题及其原因。本结合近年来非营利组织的丑闻分析现状,引用案例主要分析内部控制要素中的五个方面,探讨非营利组织内部控制中存在的问题及其原因。第五部分,解决我国非营利组织内部控制问题的对策。首先论述非营利组织内部控制制度有效运行应具备的三个关键条件,再针对内部控制中的关键控制点,提出具有普遍适用性的措施和对策。第六部分,结论、展望及创新与不足。