当前是知识经济时代,技术的进步加剧了国内外市场的竞争,而创新是促进国家经济转型増长和提高国际竞争力的关键力量。中小企业作为国家科技创新活动的主要承担者,也是将经济发展与科技进步紧密融合的践行者。因此,中小企业创新不仅对其自身发展非常有利,对推动国家整体创新实力的提升都发挥着不可替代的作用。由于创新活动具有高投入、高风险等特点,企业研发项目的推进存在市场失灵的现象,政府会通过创新补贴政策为企业的创新活动提供资金支持。同时机构投资者作为资本市场的主要力量,在企业创新发展上也拥有一定的话语权,能够凭借自身优势通过公司治理影响公司的生产经营决策。在我国大力提倡提高企业竞争力和建设创新型国家的背景下,本文从政府创新补贴视角,将机构持股、政府补贴和企业创新放在一起研究,对企业增强政府创新补贴的利用效率和提升创新水平具有重要意义。首先,本文对国内外有关研究成果进行了梳理和归纳,基于企业技术创新理论、委托代理理论、机构股东积极主义理论和利益相关者共同治理理论对机构持股、政府补贴和企业创新三者之间的影响路径进行了详细的机理分析。然后,根据理论分析与总结,提出相应的研究假设,以中小板上市公司2012-2016年的数据为样本,以政府创新补贴为视角,构建OLS回归模型,运用Stata软件进行实证研究。根据实证结果,本文得出以下结论:1、随着企业的不断发展,政府创新补贴、机构持股这两者都与企业创新有显著的正向关系。2、从企业对政府创新补贴的运用效率角度分析,机构整体持股、压力抵抗型机构持股这两者都对政府创新补贴和企业创新两者关系有显著的正向影响,而压力敏感型机构持股对两者关系有显著的负向影响。基于对实证结果的分析,笔者分别从政府部门、中小企业、机构投资者角度提供政策建议。一方面,增强中小企业对政府创新补贴的运用效率,实现资源的有效配置;另一方面,提高中小企业对公司治理与资本市场协调关系的重视度,主动促进企业创新与市场投融资之间资金持续循环的流动性,从而更好的提升我国中小企业的创新水平。