《尚书疑义》在明代《尚书》学史上占有一定地位,一直以来都被看作是明中期“反蔡《传》”的著名《尚书》学著作。然而《尚书疑义》并非有意与朱熹学派立异,实际是针对《书经大全》而作。《大全》以蔡沈《书集传》为主,囊括了宋、元学者的《尚书》学观点,是明代士子科考的重要参考文献;马明衡认为其所载先儒经说不尽合乎“圣人之道”,遂作《疑义》以驳正,因蔡沈、朱熹的经说在《大全》中居于核心位置,影响最大、数量最多,所以《疑义》驳正二说最多。正是出于这样的撰作目的,《尚书疑义》所引宋、元学者经说绝大部分来自《书经大全》;而马明衡又多参较汉、唐学者的观点,因此《尚书注疏》同样是《疑义》援引先儒经说的重要来源。就《疑义》的引书来源与范围来看,马明衡或取汉唐学者观点,或取宋元学者观点,或以己意论断,不专主一家一学。就《疑义》对先儒的态度来看,马明衡信经疑史,对于宋儒多有苛责,似有由“宋学”返“汉学”、以“古义”反蔡《传》的学术倾向,然而事实上,马明衡对于先儒经说的判断与取舍仍然是以是否合乎“圣人之道”为参考标准的。马明衡兼览汉、宋学者经说,或继承、或驳正,形成了自己的《尚书》观。如他虽然认同《尚书》是经孔子整理而成的观点,但同时又怀疑存在不合义理之处的某些篇目并非孔子所录;他虽然认为《书序》并非孔子所作,但与蔡沈鄙弃《书序》的极端看法不同,他认为《书序》并非全然不可信,学者解经仍需依靠《书序》;他虽然认可晚出古文经与孔安国《传》的真实性,但同时又怀疑某些篇目的经、《传》之文存在问题。基于对《尚书》的总体认识,马明衡在其已经形成的《尚书》观的基础之上,针对《尚书》各篇中的具体问题,提出了自己的见解。如《泰誓》篇,他反对古注疏提出的文王“受命称王”说与武王“观兵示弱”说。《顾命》《康王之诰》篇,他认为康王着冕服受顾命、诰群臣之举不合乎礼制。《康诰》《酒诰》《梓材》三篇,他认为是武王书而非成王书。其他如《武成》《洛诰》《多士》《西伯戡黎》《金縢》各篇,马明衡也有自己的不同见解。《禹贡》与《洪范》作为《尚书》中的重要篇目,自汉唐以来逐渐成为专门之学。相较于其他各篇,马明衡对于这两篇的相关问题着墨更多。如《禹贡》篇,他反对汉唐学者划分山脉的“三条四列”说以及蔡沈的“两条”说,提出了自己划分山脉的观点。《洪范》篇,马明衡继承了先儒解经重“阴阳五行”与“灾异感应”的解经特点以及古注疏对于“皇极”二字的训释。《尚书疑义》解经重“义理”,具有改易经文、掺杂时事、以经解经等解经特点、丰富的理学思想以及一定程度的复古倾向。