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系统发育分析是描述物种亲缘关系与进化关系的一种方法，分析结果往往以进化树的形式表示，直观呈现物种之间的亲缘关系。 在系统发育分析中，序列比对方法是一种传统方法，但是序列比对方法对大批量数据的比对已经变得不切实际。非序列比对方法是对系统发育分析方法的补充，近几年研究人员提出了一些非序列比对方法，核苷酸距离方法就是其中一种。 Chang等人针对最近相同核苷酸距离序列提出多项分布作为参考距离分布。Afreixo等人提出最近不同核苷酸距离，以及几何分布作为参考距离分布。本文的主要思想是结合最近相同核苷酸距离和最近不同核苷酸距离，分别用不同的分布作为参考距离分布，根据实际分布与参考分布的相对误差分别构建两组组分矢量，然后用欧氏距离构建物种的系统发育树。