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一直以来,贝类资源丰富且肉质鲜美可口,有较高营养价值,在海洋经济中占有重要地位。但由于近年来人为过度捕捞和海洋水域环境日益恶化等因素,部分种类野生资源剧减,因此当前亟需开展对贝类遗传背景知识的探索,以期在其相关种质资源保护及育种方面给予科学的依据。本研究运用微卫星分子标记技术,选取带有生物素标记的（GT）15和（CT）15的混合探针,分别构建菲律宾蛤仔、硬壳蛤、旗江珧、栉江珧及银口凹螺5种贝类的基因组微卫星文库,并进行多态微卫星标记的筛选,为进一步对其种群遗传结构的分析、种质资源鉴定及杂交育种等提供有效理论依据。其遗传多样性评估结果如下:（1）在菲律宾蛤仔中最终筛选获得10对多态性引物,其等位基因数为2-6个,多态信息含量（PIC）为0.199-0.751,观察杂合度和期望杂合度分别是0.1333-0.6207和0.1603-0.7412。其中有9个位点符合HWE平衡,位点F2-7偏离HWE平衡,多态性分析结果表明菲律宾蛤仔群体遗传性处于中高度水平。（2）在硬壳蛤中最终筛选获得11对多态性引物,其等位基因数为2-6个,多态信息含量为0.059-0.498,观察杂合度和期望杂合度分别是0.0625-0.5333和0.0615-0.4977。其中有10个位点符合HWE平衡,位点Y1-4偏离HWE平衡,多态性分析结果分析表明其群体遗传多样性处于相对较低水平。（3）在旗江珧中最终筛选获得13对多态性引物,其等位基因数为2-5个,多态信息含量为0.141-0.664,观察杂合度和期望杂合度分别是0.1250-0.6217和0.1223-0.6216。其中有11个位点符合HWE平衡,位点Q2-11和位点Q2-12偏离HWE平衡,多态性分析结果表明旗江珧群体遗传多样性处于中高度水平。（4）在栉江珧中最终筛选获得8对多态性引物,其等位基因数为2-6个,多态信息含量为0.233-0.447,观察杂合度和期望杂合度分别是0.2069-0.7931和0.1887-0.5124。所有位点均符合HWE平衡,多态性分析结果表明栉江珧群体遗传多样性处于中低度水平。（5）在银口凹螺中最终筛选获得9对多态性引物,其等位基因数为3-6个,多态信息含量为0.470-0.723,观察杂合度和期望杂合度分别是0.3333-0.7586和0.3763-0.7739。所有位点均符合HWE平衡,多态性分析结果表明银口凹螺群体遗传多样性处于高度水平。本研究一共获得51个多态性微卫星位点,评估结果显示,硬壳蛤及栉江珧群体遗传多样性偏低,菲律宾蛤仔、旗江珧及银口凹螺遗传多样性为中高度或高度水平。这一结果与硬壳蛤是新引进种,栉江珧野生资源急剧减少而导致的种群数量较少有关。此外,本研究也充分证明了微卫星标记是一种有效的便捷的开发贝类遗传标记的方法,研究所获得数据将为以后更进一步的在贝类种质资源评估、保护遗传学及人工育种方面提供了有效的科学资料。