犬肠道冠状病毒（Canine Coronavirus,CCo V）为表面有囊膜包裹的单链RNA病毒。CCo V属于尼多病毒目（Nidovirales）、α-冠状病属（Alphacoronavirus）。CCo V是引起各个年龄段犬病毒性肠炎的重要病原,通过CCo V S基因序列特征可将其划分为不同基因型:CCo V-IIa、CCo V-IIb、CCo V-I。关于CCo V的流行病学调查较多,但目前四川省分子流行病学资料未见详细报道,本研究对来自四川省部分地区腹泻病犬的粪便样品进行CCo V检测,并对其基因组特征进行研究,取得成果如下:1.四川省CCo V的分子流行病学调查为了解四川省部分地区CCo V的感染情况,采用文献报导的RT-PCR方法,对2019-2021年采自四川省三个地区（成都、西昌、泸州）共216份犬腹泻粪便样本进行检测,并对CCo V阳性样本进行分型。结果显示犬泻粪便中CCo V阳性样本为44份,平均检出率为20.4%（44/216）。采用文献报道的CCo V分型RT-PCR方法,结果显示中CCo V-IIa平均检出率为41.5%（17/41）,CCo V-IIb平均检出率为34.1%（14/41）,CCo V-I型平均检出率为24.4%（10/41）,其中3份样本为CCo V-IIa和CCo V-IIb混合感染7.3%（3/41）,3份样本为CCo V-I和CCo V-IIa混合感染7.3%（3/41）,1份样本为CCo V-I和CCo V-IIb混合感染2.4%（1/41）。本研究结果表明,CCo V是四川省部分地区犬腹泻的重要病原,其中CCo V-I、CCo V-IIa、CCo V-IIb型同时存在且有不同基因型同时感染的现象,本实验结果为CCo V的防控提供了参考。2.一株CCo V-IIa型基因组特征以Gen Bank中CCo V-IIa型中国株B135 JS 2018（MT114544.1）序列为模板,用Premier 5.0软件与Snap Gene软件共设计了22对扩增引物,扩增的序列片段按顺序拼接后可获得近似全长的CCo V-IIa型基因组序列（28943bp）,通过Megalign和MEGA 7.0软件对其进行相似性和遗传进化分析,结果显示,与基因组中19条CCo VIIa型核苷酸相似性为78.9%-99.7%,其中本研究所获得的CCo V/8/China与中国株B135 JS（MT114544.1）同源性最高为99.4%,基于全基因的核苷酸遗传进化树显示,本研究所获得的基因组与B447 ZJ等七条中国毒株处于同一大支,且这些毒株均为2018年之后的毒株并形成一个新的分支,与Gen Bank中公布的完整基因组相比,中国毒株2018年之前与之后存在不同的遗传进化趋势,与其他CCo V-IIa国外毒株也有一定遗传距离,说明国内的CCo V毒株近年来出现了独特的遗传进化趋势。本研究所获得CCo V/8/China与所有CCo V-IIa完整1ab基因序列上相比共有114个独特核苷酸位点的变化,导致了51个独特氨基酸位点的变化,其中1a基因上的氨基酸位点变化共有45个,1b基因上的氨基酸位点变化共有6个,其他非结构蛋白目前功能及结构尚未得到证实,这些位点的变化对病毒的结构及功能影响仍然不清楚,还需要进一步的研究证实。本研究所获得的基因组序列与所有共69条CCo V完整S基因序列相比,具有独特的核苷酸和氨基酸位点的突变,共导致了10个独特的氨基酸位点变异（QPT169M、A191V、G451V、A494P、M582T、D717E、AGD1055N、SAV1215L、E1216R、V1217E）,其中3个（QPT169M、M582T、D717E）氨基酸位点突变与FCo V相同。其中7个氨基酸位点变化位于S1区域（QPT169M、A191V、G451V、A494P、M582T、D717E、AGD1055N）,3个位于S2区域（SAV1215L、E1216R、V1217E）,且该毒株的S2裂解位点与FCo V一致,但S1/S2和S2’裂解位点改变是否导致CCo V致病性的改变尚未见报道。