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目的:建立人胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumor,GIST）细胞系GIST-F及伊马替尼（Imatinib）耐药细胞株GIST-FR;在全外显子组水平鉴定GIST-FR细胞及临床GIST样本中的基因变异,为GIST的诊断与治疗提供基础资料。方法:采用组织块法提取原代GIST细胞并进行细胞永生化,命名为GIST-F;采用免疫组化、Western blot方法对GIST-F细胞进行鉴定;采用浓度梯度递增法体外诱导GIST-F细胞对Imatinib靶向治疗耐药,建立耐药细胞株GIST-FR;光学显微镜观察亲本细胞GIST-F和耐药细胞GIST-FR的细胞形态;流式细胞仪检测GIST-FR细胞周期的变化;CCK-8法绘制细胞增殖曲线,计算细胞半数致死浓度(IC50);采用全外显子组测序技术对50例GIST临床样本及GIST-F和GIST-FR细胞进行测序分析,筛选GIST疾病相关基因突变,分析GIST耐药前后相关基因突变位点的变化。结果:（1）成功建立永生化GIST-F细胞,体外传代40余代;GIST-F细胞形态呈短梭形,CD117阳性,表达KIT蛋白。（2）成功建立Imatinib耐药的人GIST细胞系GIST-FR;GIST-FR细胞较亲本细胞GIST-F生长慢,对lmatinib的IC50显著增高,耐药指数为3.52（P<0.01）;耐药前后细胞周期分别为G0/Gl期（24.59±5.63%vs 44.76±2.11%）,S期（69.60±4.53%vs 52.64±0.60%）,G2/M期（5.82±1.10%vs 2.60±1.50%）（P<0.05）。（3）50例GIST临床样本经全外显子组测序,对GIST致病基因KIT/PDGFRA的突变分析,发现48例存在KIT突变,其中22例为KIT-exon 11新突变;9例为KIT-exon 9新突变,均为c.15021503insTGCCTA插入突变,1例KIT-exon 16新突变,1例KIT-exon 17新突变;只有1例存在PDGFRA致病突变;对368个肿瘤相关基因进行了功能突变分析,发现IGF1R等34个基因,共37个位点发生突变;Imatinib耐药临床样本中发现MUC4等47个新基因突变,共59个突变位点;Imatinib耐药细胞GIST-FR中发现ACSS1等31个新基因突变,共35个突变位点;通过GO功能富集分析,发现这些基因富集于抑制RNA转录、剪接,细胞增殖等功能。结论:（1）GIST-F细胞来源于人胃肠道间质瘤原代组织,具有GIST细胞特点,建系成功。（2）成功获得Imatinib耐药细胞GIST-FR。（3）首次在GIST临床样本中发现25个KIT基因新突变位点以及34个肿瘤相关基因突变,共37个突变位点;首次在Imatinib耐药的GIST中发现MUC4等75个新基因突变,共91个突变位点。以上结果为GIST发生发展及Imatinib耐药机制提供新的数据,为其临床诊断与治疗提供新的思路。