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柑橘黄龙病(Citrus Huanglongbing,HLB),又称黄梢病或青果病,广泛分布在我国南部、东南亚、非洲、巴西、美国等柑橘生产国家和地区,严重威胁世界柑橘产业。HLB典型症状为叶片斑驳黄化,果实畸形,表现青软果或“红鼻果”,造成果树大幅减产,甚至树势衰弱死亡。该病原菌至今尚不能人工培养,亦未完成柯赫氏法则验证,根据16S r DNA基因、地理来源和热敏感性暂定为α-变形菌门韧皮部杆菌属(Candidatus Liberibacter spp.),分为以下三个种:韧皮部杆菌亚洲种(′Candidatus Liberibacter asiaticus′,CLas),韧皮部杆菌非洲种(′Candidatus Liberibacter africanus′,CLaf),韧皮部杆菌美洲种(′Candidatus Liberibacter americanus′,CLam)及韧皮部杆菌非洲种亚种(′Candidatus Liberibacter africanus subsp.capensis′),当前中国以危害最广最重的亚洲种(CLas)为主。HLB在赣州地区发生的具体时间不详,2013年在赣州大爆发,严重威胁赣州的柑橘产业发展,如赣南脐橙、南康蜜柚、寻乌蜜桔等。本文从以下几个方面开展了研究:1、收集赣州地区不同地理来源的HLB样品516份,运用多位点可变数目串联重复序列(Multiple-Locus Variable number tandem repeat Analysis,MLVA)开展遗传分化研究;2、对感病纽荷尔脐橙树体分别采用常规PCR法和荧光定量相对定量法(ΔΔCT)进行病原菌相对含量分布特征研究;3、比较了三种检测CLas的实时荧光定量法(Quantitative Real-time PCR,qPCR)的灵敏度:HLBp、CQULAP两组TaqMan探针法qPCR和以nusG-rplKAJL-rpoBC基因簇为靶标的SYBR Green染料法qPCR。得到以下结论:1、赣州地区HLB遗传多样性丰富。从目前报道的23对变异位点中筛选出LasSSR-A、LasSSR-C、LasSSR-D、LasSSR-E和CWBJ44五个位点用于赣州地区CLas的研究,发现LasSSR-A位点遗传多态性最高,遗传多样性指数高于0.9,其次是LasSSR-E位点,20%样品存在缺失;基于LasSSR-C位点、LasSSR-D位点、CWBJ44位点进行聚类分析发现,大余县的样品单独聚为一类,不同于其它县区样品。2、常规PCR对病树五个主干枝条的阳性检出率分别为88.57%、61.11%、54.17%、6.67%和0,荧光定量PCR的阳性检出率为100%、100%、100%、40%、13%,ΔΔCT法分析发现斑驳黄化叶片中阳性率和病原菌相对含量更高,病原菌系统性侵染寄主,在病树的整体分布不均匀。3、HLBp探针法qPCR灵敏度较CQULAP探针法和nusG-rplKAJL-rpoBC基因的SYBR Green染料法qPCR高出一个数量级,三者的灵敏度足以用于实验室Clas的分子检测,能够避免常规PCR易出现假阴性的弊端。