1998年颁布、实施的“两课”课程设置新方案，是一项具有鲜明时代特征和严格规范性的教改举措。三年来，各省(自治区、直辖市)教育行政管理部门、各高等院校为落实“两课”课程设置新方案作了大量工作，取得了不少成绩。但“两课”课程设置新方案实施工作中还存在不少问题，如课程开设不全、课时开设不足、班额组合不当、教材管理不到位、教学内容不精、教学方法不活、实践环节欠落实等。形成“两课”课程设置新方案实施工作中存在的问题的原因是多方面的，主要有对贯彻执行“两课”课程设置新方案的重要性认识不够、“两课”管理体制尚未理顺、经费投入不足、师资相对较弱、实施“两课”课程设置新方案的前期准备不够充分、“两课”课程建设不力以及外在负面影响较大等。 解决“两课”课程设置新方案实施工作中存在的问题，一要端正办学指导思想，始终把培养大学生坚定正确的政治方向放在首位，坚持把提高大学生科学文化素质和思想政治素质统一起来。二要提高对“两课”重要性的认识，要站在培养社会主义事业建设者和接班人的战略高度来认识新时期高校思想政治工作的重要性，认识“两课”教学的重要性。三要加强各项制度建设，要搞好教学管理制度、班额控制制度、经费拨付制度、文档汇查制度以及教学督导制度建设。四要理顺大、中、小学德育体系，使各阶段德育目标明晰、内容稳定、方式适宜。五要改进课堂教学，要转变观念，重新审视“两课”教学对象的主体地位。六要推进“两课”课程建设，要确定“两课”的课程体系和各门课程的内容体系，科学处理理论与实际的关系。七要落实社会实践环节，要提高对“两课”社会实践的重要性的认识，增强社会实践的目的性。要对“两课”实践环节做出硬性规定，通过多种途径解决社会实践活动的经费问题。八要建设好“两课”师资队伍。要配备好“两课”师资，培训好专兼职教师，作好师资队伍的稳定工作。