正当防卫证明责任的分配有着实体法和程序法的双重关联。证明责任中的主张责任、举证责任及说服责任都离不开犯罪论体系,在刑事诉讼活动中主张责任只存在于控方,其围绕犯罪论体系展开,举证责任以犯罪论体系为核心,说服责任以犯罪论体系为重点。在程序法上,证明责任的逻辑起点是主张责任,对于案件争点控辩双方均有举证责任,说服责任决定着案件风险的担负。正当防卫在不同的犯罪论体系中的定位不同,所采取的分配方案也不同。理清正当防卫证明责任分配的内在联系,需要结合我国现有的司法制度及刑事诉讼模式,找出最符合我国国情的犯罪论体系。大陆法系三阶层犯罪论体系将正当防卫置于“违法性”层面能够为正当防卫证明责任的分配提供实体法基础。英美法系双层次犯罪论体系将正当防卫归为犯罪论体系中的犯罪实质成立要件,也能够为正当防卫证明责任的分配提供实体法基础。我国四要件犯罪论体系采用苏俄平面耦合式结构无“出罪”要件,把正当防卫归为排除犯罪性事由不在犯罪论体系中,无法为正当防卫证明责任的分配提供实体法上的依据。我国学者为解决这一问题提出了各种观点,其中,“任一构成要件出罪说”试图通过对现行犯罪论体系进行解释的方式来解决正当防卫的出罪问题。“犯罪客体说”将正当防卫纳入四要件犯罪论体系的犯罪客体部分解决实体法缺位的问题。“借鉴重构说”通过借鉴两大法系排除犯罪性事由证明责任承担的结果,取其精华对我国排除犯罪性事由证明责任承担进行论证。以上三种观点均未从根源上解决正当防卫实体法缺位问题。在实体法方面,从四要件犯罪论体系本身分析,我国现有四要件犯罪论体系与排除犯罪性事由的结合与英美法系双层次犯罪论体系相契合。在程序法方面,在引进了英美法系当事人主义的诉讼模式及最高人民法院发布指导案例对部分案件予以规范后,我国现有制度与英美法系双层次犯罪论体系证明责任分配相契合。正当防卫证明责任的分配区分为“显性”证明责任及“隐性”证明责任两个层次。第一个层次为控方显性证明责任层次,即控方需对其主张的被告人构成故意犯罪承担完整意义上的证明责任。第二个层次为控方隐性证明责任层次,该证明层次在辩方提出证据证明其属于正当防卫时被激活,辩方提出行为存在正当防卫的举证标准设定为存在合理怀疑(30%的真实性)。裁判者可利用英美法系的“自由心证”制度对控辩双方的证明进行判断,辩方提出其行为构成正当防卫的举证责任证明标准不强求印证。