现代企业内部控制问题关系到企业的持续健康发展,一直以来都是国际上普遍关注的焦点问题。美国安然、世通财务舞弊事件,中航油(新加坡)、中储棉、国储铜等一系列危机事件,使得我国有关部门更加强烈地意识到加强内部控制建设对于我国企业特别是上市公司至关重要。2005年以来,我国有关部门相继出台了多部法规。2008年6月28日,财政部等五部门联合发布的《企业内部控制基本规范》,以及2010年4月26日发布的《企业内部控制配套指引》标志着我国的企业内部控制规范体系已经基本建成。怎样贯彻落实企业内部控制规范及配套指引,就是当前需要研究探讨的主要问题。做好企业内部控制是一个庞大的系统工程,在企业内部控制的五个要素中内部环境是一切的基础和前提。而组织架构又是内部环境控制的核心,因此是做好内控建设中最基础的工作。为了夯实企业内部控制建设的基础,基于组织架构的内部控制研究值得深入。本文首先从内部控制相关理论以及组织理论出发,在前人的研究成果基础之上,分析总结了基于组织架构的内部控制的关键控制点。其次,以组织架构设计和运行中的关键控制点为指导,分析了不同类型组织架构模式存在的内部控制风险,以及相应的风险防范措施。最后,以一个小型民营企业为例,将理论运用于实践,分析了在进行组织架构内部控制建设时,企业如何结合自身发展阶段、企业规模、行业类型等具体情况来选择合适的组织架构模式,并且分析了这种组织架构模式存在的风险及具体防范措施。