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种子萌发的快慢是作物的一个重要农艺性状。高活性的种子是水稻直播的先决条件。一般条件下,籼稻的发芽速率比粳稻要快。利用这一差别可以区分这两个亚种。本研究利用一套以籼稻珍汕97B为背景、粳稻日本晴为供体的染色体片段代换(导入)系为材料,对水稻种子萌发速率进行数量性状位点(QTL)分析,并精细定位其中一个主效QTL qGR2。同时,利用该套日本晴染色体片段代换系对稻米的品质性状进行QTL定位和应用研究。主要结果如下：1.在13℃、18℃、23℃和28℃条件下,珍汕97B与日本晴之间的种子萌动速率差异是稳定存在的。42份栽培稻品种的发芽试验表明,籼稻与粳稻两个亚种间存在显著的萌动速率差异。在23℃条件下,籼稻品种的平均萌动速率比粳稻品种快约5.8倍。2.利用143份日本晴染色体片段代换(导入)系,分别在第2、5、6和10四个染色体上定位到4个与水稻萌动速率相关的QTL,其来源于日本晴的等位基因在一定程度上降低了种子的萌发速率。3.利用其中1份代换系CSSL29衍生的F2群体,对第2染色体的QTL (qGR2)进行验证和精细定位。初步定为结果显示,qGR2在RM12532-RM12544区间,其解释的变异为24.3%。选取含有目标片段为杂合的1个单株,自交获得F3大群体(2720个单株),并从中筛选出23株qGR2区段交换单株。利用分子标记与表型相结合的方法,最终将qGR2精细定位到MC04和RM423之间,物理距离10.4kb,位于一个BAC克隆上。该区间预测含有3个候选基因,Loc_Os02g07410、 Loc_Os02g07420和Loc_Os02g07430。4.对143份代换系的种子长宽比,直链淀粉含量,蛋白质含量和千粒重与萌发速率进行相关分析,结果表明,种子的萌发速率只与蛋白质含量呈显著正相关。5.半定量(RT-PCR)表达分析显示,候选基因Loc_Os02g07430(OsMADS29)在珍汕97B和代换系CSSL29的萌动过程中表现出不同的表达模式。候选基因在两材料种子中的表达时间与各自种子胚根的突出时间相一致。6.珍汕97B与日本晴在直链淀粉含量,蛋白质含量,碱消值,垩白度上存在较大差异。利用143份日本晴染色体片段代换系,通过IciMapping v3.0软件共检测到6个品质性状共36个QTL。这些QTL有的含有已经被克隆的品质基因如Wx、alk等。这些主效QTL可以显著改良珍汕97B的稻米品质。7.143份代换系的品质性状与农艺性状的相关性分析表明,蛋白质含量,碱消值和垩白度与抽穗期相关,可能极易受环境影响。8.构建了7个分别含有不同品质基因的代换(导入)系材料,通过其与明恢63测交,评价其品质性状的表现,结果发现,代换系品质性状的改变可以影响其杂交种的品质。试验结果为改良杂交种稻米品质提供了一定理论指导和实践基础。