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本研究以黑木耳(Auicularia auricula)、白灵菇(Pleurotus nebrodensis)、灰树花(Grifolafrondosa)、金针菇(Flammulina velutipes)、滑菇(Pholiota nameko)、茶树菇(Agrocybe cylindracea)、杏鲍菇(Pleurotus eryngii)和鸡腿菇(Coprinus comatus)等8种食用菌105个菌株为材料,针对菌丝体中多糖等物质丰富的特点,改进DNA提取方法,获得高质量DNA;设计引物,优化反应体系利扩增条件,进行ISSR遗传多样性分析,形成了适合多种食用菌菌株遗传鉴别鉴定和遗传分析的技术和方法。研究表明,我国食用菌栽培菌株遗传多样性丰富,多数种内不同菌株之间遗传距离在0.4以上。21个黑木耳(A.auricula)菌株,10个引物扩增出185个位点,多态性位点比例(P)为97.84%,平均每个位点的观察等位基因数(Na)为1.9784,平均每个位点的有效等位基因数(Ne)为1.2396,Nei’s基因多样性(H)平均为0.2732,Shannon’s信息指数(I)为0.4278,省际间菌株基因流(Nm)值为2.7528;20株白灵菇(P.nebrodensis),11个引物共扩增出70个位点,P为75.71%,Na为1.7571,Ne为1.5310,H为0.2967,I为0.4324:13株灰树花(G.frondosa),12个引物共扩增出178个位点,P为84.83%,Na为1.8483,Ne为1.3245,H为0.1988,I为0.3168;12个ISSR引物将13个金针菇(F.velutipes)菌株扩增出124个位点,P为91.94%,Na为1.9194,Ne为1.4819,H平均为0.2844,I为0.4313;16个引物将12株滑菇(P.nameko)扩增出146个位点,P为86.99%,Na为1.8699,Ne为1.3880,H为0.2395,I为0.3733;13个引物将10株茶树菇(A.cylindracea)扩增出194个位点,P为87.63%,Na为1.8763,Ne为1.4455,H为0.2669,I为0.4095;9株杏鲍菇(P.eryngii),13个引物扩增出250个位点,P为90.80%,Na为1.9080,Ne为1.3722,H为0.2388,I为0.3803;7株鸡腿菇(C.comatus),14个引物扩增出141个位点,P为70.21%,Na为1.6474,Ne为1.2931,H为0.1803,I为0.2828。基于菌株间Nei’遗传距离的UPGMA聚类分析表明,我国栽培食用菌菌株的分布与地理区域无关,表明我国食用菌菌株适应栽培地域性强,生产菌株在全国范围内引种频繁。以白灵菇和杏鲍菇为材料,进行酯酶同工酶分析,将分析结果与ISSR分析结果相比较,结果表明两种方法对菌株的分析结果大致相同,都是鉴别菌株的良好方法,但对遗传关系的分析结果有差异。对不同白灵菇菌株的ISSR扩增位点进行连接、转化、克隆、测序,获得了24个位点的序列,对序列初步分析结果表明:(1)5’锚定引物对扩增的特异性相对较弱,相似的引物间存在非特异扩增位点;(2)同一个引物对不同菌株的扩增得到的相同位点,虽然在分子量大小上没有差异,但位点内部存在着单个核苷酸位点的差异;(3)ISSR扩增位点序列在GenBank中Blast比对结果发现,与已登录的功能基因序列无同源性;(4)ISSR扩增位点序列内存在着大量的串联重复序列,说明这些ISSR扩增区域正是微卫星的活动频繁区域。