随着目前铁路运输行业的政企分离,市场化程度的加大以及行业的不断发展,未来铁路运输行业的供求关系和整体格局会发生较大的变化,目前的清算单价已经不适合未来的发展,制定科学合理的清算价格的需求也在不断的突显。在这样的一个大背景下,基于我国铁路运输行业的经营管理特点以及转移价格制定的相关理论,针对我国铁路运输行业的发展阶段,提出清算单价的制定方法。本文在研究方法上,主要采用理论结合实际、实地调研以及案例分析。在研究内容上,首先梳理了转移价格制定的相关理论方法以及各个方法的适用条件,目的是为铁路运输企业的转移价格的制定提供基础；其次梳理了目前铁路运输行业的清算体系以及清算单价的制定,从而为转移价格的制定提供现实环境；第三是将转移定价与其实际情况相结合,推理出不同的服务、不同的发展阶段的定价方法；最后以线路使用费的制定作为案例进行具体说明。本文认为由于铁路运输行业的网络性、自然垄断性、准公共性以及其相互服务的专用性特点,从整个清算单价体系来看,转移价格的定价方法采用平均成本法,但是对于一些存在外部竞争市场的服务,可以采用以市场价格为转移价格或者直接将服务进行外包。并且由于不同清算项目其成本构成不同,以成本为基础的转移价格的制定也不尽相同。基于目前的状况,建议各清算项目采用平均成本定价法；当整个铁路运输行业路网较为发达,供给大于需求时,清算单价的制定建议采用次优定价法,在全成本回收的基础上,考虑资源的优化配置。