番茄Cf-5基因SNP标记的开发及种质资源的筛选

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番茄叶霉病是威胁保护地番茄生产的一种严重病害,为世界性病害,可直接导致番茄减产,并严重影响番茄品质,造成了番茄生产的巨大损失。由于人为进行的品种选择鉴定耗时长,因此,针对叶霉病开发分子标记,辅助育种培育出含有抗叶霉病基因的番茄材料,从根本上解决番茄叶霉病问题是抗叶霉病育种的发展趋势。   本研究以4份抗叶霉病番茄品种和四份含有Cf-5基因的叶霉病感病番茄品种为材料,以Cf-5基因为研究对象,用直接测序的方法分析了Cf-5基因的SNPs,设计了等位基因特异引物,获得了稳定的等位基因特异PCR产物,成功地开发了SNP标记。本研究旨在开发番茄抗叶霉病Cf-5基因的SNP标记;建立开发番茄SNP标记的可行方法和技术。本实验的主要结果如下:   1.应用课题组提供的抗叶霉病番茄材料06885,感病材料06919,构建F2离群体258个单株,通过对亲本及F2分离群体的抗病性鉴定,表明其遗传模式符合孟德尔的显性单基因遗传规律。   2.针对Cf-5基因设计三对嵌套引物,将从所有8份材料中获得的Cf-5基因序列与GenBank上的CF-5序列进行比对,检测到了2个主要的SNP:T-C,G-T。   3.研究表明:对于不同的碱基错配类型,在特异引物3’端的第二位加入合适的错配碱基可以获得理想的等位基因特异引物;在引物3’端的第二位和第三位同时加入错配碱基可以完全抑制PCR的扩增:A/G错配强于T/G错配,C/T错配强于G/T错配。   4.应用筛选所得的特异性引物,对课题组提供的42份番茄材料进行实验室鉴定,筛选出抗叶霉病材料2份,与人工接种调查结果基本一致,进一步证明了该标记的应用价值,为分子标记辅助选择育种提供了理论依据。
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