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目的：探讨慢性乙型肝炎患者血清rcDNA和肝细胞cccDNA动力学关系及它们的变异对病毒学突破、复发的影响。方法：研究对象：耐药1组39例为NUCs治疗发生病毒学突破的慢性乙型肝炎(CHB)患者；耐药2组4例为LAM治疗发生病毒学突破后经挽救治疗达2008年亚太《指南》停药标准停药复发患者；停药组40例为NUCs治疗达标停药,停药时行肝组织穿刺(肝穿)术CHB患者。对照组21例为未抗病毒治疗的CHB患者。实验方法：水煮法提取血清rcDNA, HBV cccDNA特异性引物滚环扩增(RCA)提取肝细胞全长HBV cccDNA;采用相应引物对血清rcDNA和肝细胞cccDNA的P、BCP、PC区进行巢式PCR扩增,通过直接测序法检测扩增产物的变异位点。结果：(1)4组患者血清rcDNA和肝细胞cccDNA BCP区变异检出率最高的是A1762T、G1764A;耐药1组、耐药2组、对照组PC区变异检出率最高的是T1858C,达标停药组PC区变异检出率最高的是G1896A；(2)耐药1组中,94.87%(37/39)患者血清rcDNA与肝细胞cccDNA的rtM204I变异相吻合(P<0.05)；94.87%(37/39)患者血清rcDNA与肝细胞cccDNA的rtL180M变异相吻合(P<0.05)；74.36%(29/39)患者血清rcDNA与肝细胞cccDNA的A1762T变异相吻合(P<0.05)；84.62%(33/39)患者血清rcDNA与肝细胞cccDNA的G1764A变异相吻合(P<0.05)；76.92%(30/39)患者血清rcDNA与肝细胞cccDNA的T1858C变异相吻合(P<0.05)；肝细胞cccDNArtM204I、rtL180M检出率与血清rcDNA的相同,肝细胞cccDNA A1762T、 G1764A、T1858C检出率较血清rcDNA高；(3)耐药2组中,2例停药肝细胞cccDNA P区未检出变异位点,2例停药肝细胞cccDNA P区变异位点与病毒学突破、复发血清rcDNA的基本一致；3例患者病毒学突破和复发血清rcDNA变异位点完全一致；4例患者在病毒学突破时血清rcDNA、达标停药时肝细胞cccDNA、复发时血清rcDNA均未检出rtM204I/V、rtL180M、rtA181V变异位点。4例患者病毒学突破、复发血清rcDNA A1762T、G1764A变异检出率和停药肝细胞cccDNA的完全一致。(4)耐药1组血清rcDNA T1858C变异检出率比对照组的高(P<0.05),肝细胞cccDNA T1858C变异检出率比对照组的高(P>0.05)；(5)达标停药复发患者肝细胞cccDNA G1896A变异检出率较未复发者高(P<0.05)。结论：(1)应用RCA扩增肝细胞全长HBVcccDNA,直接测序法检测肝细胞cccDNA变异可以作为研究HBV变异和基因耐药诊断的新手段;(2)血清rcDNA的T1858C变异可能与病毒学突破有关;(3)达标停药时肝细胞cccDNA G1896A变异可能与复发有关。