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蝙蝠是许多人兽共患病病原体的携带者,可引起多种人兽共患病。近年来,关于蝙蝠携带的病毒已有较多的研究,而对蝙蝠携带致病菌的研究很少。随着旅游业的发展及人口密度的增加等原因,人与蝙蝠的接触越来越频繁,蝙蝠体内的一些病原体有可能传播给人类。蝙蝠胃肠道中有多种细菌的分布,其中,有一些属于致病菌。目前,国际上有关蝙蝠胃肠道细菌的研究很少,国内尚未见有报道。鉴于此,本研究采用传统分离培养技术、16S rRNA基因序列分析技术和MiSeq高通量测序技术对普氏蹄蝠(Hipposideros pratti)和阿拉善伏翼(Hypsugo alaschanicus)胃肠道的细菌进行了鉴定。1.传统鉴定和分子鉴定结果如下:从普氏蹄蝠胃中共分离出8株细菌,分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、泛菌属(Pantoea)、摩根氏菌属(Morganella)、哈夫尼菌属(Hafnia)、Gibbsiella属、Lysinibacillus属和乳球菌属(Lactococcus)7个菌属。普氏蹄蝠(H.pratti)肠道中共分离出10株细菌,分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、Raoultella属、摩根氏菌属(Morganella)、普罗威登斯菌属(Providencia)、Lysinibacillus属和肠球菌属(Enterococcus)7个菌属。阿拉善伏翼胃中共分离出7株细菌,分别属于克雷伯氏菌属(Klebsiella)、肠杆菌属(Enterobacter)、气单胞菌属(Aeromonas)、乳球菌属(Lactococcus)、摩根氏菌属(Morganella)、普罗威登斯菌属(Providencia)6个菌属。阿拉善伏翼(H.alaschanicus)肠道中共分离出13株细菌,分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、乳球菌属(Lactococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、弧菌属(Vibrio)、变形杆菌属(Proteus)、摩根氏菌属(Morganella)、普罗威登斯菌属(Providencia)、埃希氏菌属(Escherichia)和志贺氏菌属(Shigella)10个菌属。2.基于MiSeq高通量测序技术分析普氏蹄蝠(H.pratti)和阿拉善伏翼(H.alaschanicus)胃肠道细菌多样性,结果如下:普氏蹄蝠(H.pratti)胃肠道中分布的细菌主要有变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)软膜菌门(Tenericutes)、放线菌门(Actinobacteria)和未分类细菌(Unclassified)6个门,其中,变形菌门(胃中占56.4%,肠中占46.0%)和厚壁菌门(胃中占40.7%,肠中占49.2%)为优势菌门。胃肠道中丰度在0.1%以上的菌有24属,胃中优势类群为乳球菌属(Lactococcus)(26.1%)和哈夫尼菌属(Hafnia)(21.0%),肠道中优势类群为肠球菌属(Enterococcus)(15.2%)和沙门氏菌属(Salmonella)(12.7%)。阿拉善伏翼(H.alaschanicus)胃肠道中的细菌主要分布在放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)和未分类细菌(Unclassified)5个门。胃中变形菌门(27.8%)和厚壁菌门(59.5%)为优势菌门,肠道中占优势的菌门主要有变形菌门(39.7%)、放线菌门(15.7%)、拟杆菌门(15.6%)和厚壁菌门(12.7%)。胃肠道细菌丰度在0.1%以上的菌有20个属,胃中优势类群为乳球菌属(46.1%)和芽孢杆菌属(7.4%),肠道中优势类群为鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)(10.5%)和分枝杆菌属(Mycobacterium)(7.3%)。3.普氏蹄蝠(H.pratti)和阿拉善伏翼(H.alaschanicus)胃肠道中大部分细菌均为人类致病菌或条件致病菌,应注意避免蝙蝠活体及粪便引起水源以及食物的污染,有普氏蹄蝠居住的洞穴应禁止开发旅游,以防止人类和蝙蝠之间疾病的传播。