在我国城市化和住房商品化进程中，小产权房蔓延现象一直未得到有效地治理，引起了社会各界的广泛关注。治理效果不理想的主要原因在于治理机制不健全。本文基于治理理论和公众参与理论研究小产权房的治理机制，为解决我国小产权房问题提供一个根本途径。通过调查分析小产权房的市场现状和整治现状，发现在小产权房的整治过程中存在几个值得关注的问题，具体表现在：由政府主导的管制，忽视了村民、购房者等相关方的利益诉求；政府与民间利益相关方之间缺乏有效的沟通与协商；村民和购房者等利益相关者处于被动、弱势地位，参与意识淡薄，且参与程度低。而产生这些问题的原因是：未从法律上规定小产权房治理应遵循的具体操作标准和程序，使村民、购房者等相关群体的利益表达机制缺失；小产权房治理理念缺失，信息公开、意见反馈、沟通和协商等机制不健全；缺乏为实现有效治理提供保障的组织系统。针对小产权房治理中存在的主要问题，运用治理理论和公众参与理论，提出了小产权房的治理机制，包括法律制度、组织体系、信息公开、沟通、协商和意见反馈机制等。指出建立和完善小产权房治理的法律制度、第三方监督与协调、信息公开、意见反馈、沟通和协商等治理机制，是实现小产权房有效治理的基本保障。阐述了小产权房治理机制的运行模式及过程，从治理草案的准备、治理方案的制定与实施、治理效果评价和总结等阶段分别描述了运行过程中各阶段的主要工作。通过文本分析和问卷调查，识别出阻碍小产权房治理机制形成与发展的18个一般因素。运用主成分分析法从中提取出5个关键障碍因素，其中政府与民间利益相关者之间缺乏沟通与反馈机制且治理责任不明确是目前阻碍小产权房治理机制形成与发展的首要因素。此外，政府对待小产权房治理的态度不清晰、相关法律与政策制度不完善、缺少增进政府与民间利益相关者相互沟通和协商的中间组织以及缺乏行之有效的方法和公开透明、制度化的程序等，也是阻碍小产权房治理机制形成与发展的主要因素。针对这些主要障碍因素，提出了完善与治理机制相关的法律和制度、提高公众参与治理的意识和能力、重视治理组织系统的建设、完善治理程序和环节等对策和具体建议。研究成果的应用有助于促进小产权房治理理论与实践的发展，明确我国小产权房治理机制形成与发展的方向，为实现小产权房的有效治理提供了一个基本的途径。