为了解乐清湾的渔业资源现状,在乐清湾海域布设10个调查站位,于2018年11月(秋季)和2019年5月(春季)采用环境DNA技术对该海域鱼类种类组成和生物多样性等进行研究,同时结合传统的渔业资源调查方法进行比较分析,探索环境DNA技术在鱼类生物多样性研究中的应用。结果显示:1)用Mi Fish鱼类通用引物对海水中提取的环境总DNA进行扩增,20个样本共检测出鱼类66种,隶属于2纲,13目,29科。其中秋季共25种,隶属于9目,14科,22属,春季共59种,隶属于2纲,12目,26科52属。秋季优势种为双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(15.7%)、刀鲚Coilia nasus(14.1%)、暗纹多纪鲀Takifugu fasciatus(9.2%)、斜鳞笛鲷Pinjalo pinjalo(7.7%)和日本须鳎Paraplagusia japonica(6.9%),春季优势种为龙头鱼Harpodon nehereus(24.9%)、小黄鱼Larimichthys polyactis(10.6%)、中国花鲈Lateolabrax maculatus(7.9%)、棱鮻Liza affinis(9.7%)和白带鱼Trichiurus lepturus(6.9%)。2)多样性分析结果表明,不同季节的鱼类多样性在各站位之间存在明显差异,春季鱼类由外海向海湾区域进行生殖洄游,加上受瓯江径流和降水影响,大量的营养输入导致鱼类饵料生物大量繁殖,鱼类多样性高于秋季。冗余分析结果显示,双线舌鳎、日本须鳎、锯脊塘鳢Butis koilomatodon和黑点脊塘鳢Butis melanostigma等偏向分布于盐度较高的区域,暗纹多纪鲀分布水深较深的区域,刀鲚与叶绿素a呈正相关,这与刀鲚食性有关。3)结合环境DNA和传统拖网调查,在研究海域共发现鱼类85种,隶属于2纲,14目,31科,66属。其中,拖网调查两个季节共鉴定出鱼类42种,隶属于10目,17科,35属。仅在拖网调查中出现的种类数为19种,仅在环境DNA技术中检测出的鱼类有44种,这些物种多数为中上层鱼类,其游速较快,在传统拖网调查不易被捕到。对比结果显示在乐清湾海域利用环境DNA技术检测出的鱼类种类数要多于传统拖网调查,其结果更全面,不易受鱼的个体特性(如游速、中上层习性、个体小等)所左右。4)根据本文在乐清湾进行的环境DNA采样和拖网调查结果比较,梳理环境DNA技术的优缺点。从优点来看,环境DNA的物种检出率比拖网调查更高,且该方法对环境和目标物种更加友好,不需要直接接触或者捕获生物体,不会对资源和环境造成破坏;其次,环境DNA灵敏度高,采样过程中不需要分类学专家的协助,节省鉴定时间、成本。另外,环境DNA在海水中受温度、盐度、水流等因素影响其降解和运输路径,因此无法获得相对准确的生物量和位置信息,此外环境DNA技术也收数据库物种数的影响,不易发现新物种;同时也无法通过DNA分析目标物种的生物学信息,例如性别、体长、体重等。