锈病是我国西南地区最重要的蚕豆病害，严重影响蚕豆的产量和质量，对其的研究对于作物保护、病害防治具有重要意义。本文用扫描电子显微镜对蚕豆锈菌进行微观形貌研究，利用傅里叶变换红外光谱（FTIR）结合统计分析对蚕豆锈病叶进行分子光谱研究。利用扫描电镜观察了蚕豆、葱、蒜、小麦、玉米农作物上的锈菌，不同种类的孢子形态以椭球状居多。通过孢壁纹饰可以区分不同作物锈菌，蚕豆锈病孢子孢壁上有轻微颗粒状纹饰；小麦锈病孢子的孢壁非常光滑；蒜锈病孢子孢壁欠光滑，有轻微的邹波状纹饰；玉米锈病孢子孢壁较为光滑；葱锈病孢子孢壁相比蒜锈病孢子稍光滑一些，具轻微的邹波状纹饰。不同的孢子在形态上呈现一定的差异，通过形态的差异可以区分不同的孢子体，为锈病病原体鉴别提供形貌依据。红外光谱显示豆叶主要由蛋白质、脂类、多糖谱峰组成，蚕豆锈病叶片和正常叶片的光谱十分相似，而二阶导数光谱在1200-950cm-1范围差异明显，用此波数范围内的数据对同一产地蚕豆正常叶和锈病叶进行聚类分析能取得较好的效果，分类正确率达到94%；对不同产地正常叶和锈病叶聚类正确率为88.75%，说明生长环境对聚类有影响。为了研究蚕豆发生锈病后，叶片中蛋白质二级结构的变化趋势，分析了120个锈病叶样品，对1700-1550cm-1范围的原始光谱进行曲线拟合分析，基于拟合数据，结果显示感染锈病后蚕豆叶片中蛋白质β折叠含量、α螺旋含量、β转角含量均下降，表明锈病将导致蚕豆叶中的蛋白质含量降低。研究表明傅里叶变换红外光谱技术联合化学计量学方法可用于蚕豆正常豆叶和锈病豆叶的鉴别，以及用于病害引起的叶片化学成分变化分析。