近年来,绿色环保的概念得到国家的大力弘扬,党的十九大会议中提出的“三大攻坚战”就强调了开展污染防治工作的重要性,这说明本文对全过程跟踪审计在生物环境工程中应用的研究既符合国家所倡导的大政方针和指导思想,也符合当今社会发展需要。但是,由于生物环境工程审计是近两年才提出来的概念,再加上全过程跟踪审计在我国发展历史较短,所以全过程跟踪审计在生物环境工程中的应用研究还处于摸索的阶段,与之相对应的规范化的指导规章自然也比较欠缺,所以审计人员开展生物环境工程全过程跟踪审计时会面临各种各样的问题,其中最突出的问题就是审计人员对各个阶段审计的主要内容和程序把控不好,容易造成审计结果的偏差。但是随着生物环境工程全过程跟踪审计的进一步发展,这个问题显得越来越突出,规范全过程跟踪审计在生物环境工程项目阶段应用的审计重点内容和程序显得越来越迫切。因此,本文试图构建和规范全过程跟踪审计在生物环境工程项目阶段应用时的重点内容和程序,主要是从准备阶段、设计阶段、招投标阶段、实施阶段和竣工结算阶段等六个阶段展开,并通过A湖泊水葫芦治理污染工程项目的案例来检验构建的审计内容和程序的合理性,针对全过程跟踪审计在A湖泊水葫芦治理污染工程项目阶段应用的情况,总结出应用过程中存在的主要问题,最后在理论研究和案例分析的基础上提出完善生物环境工程全过程跟踪审计的措施:健全法律法规及操作指南、强化内部控制制度建设、优化审计队伍的组织结构、科学制定审计范围以及合理规划部门机构之间的职责。本文希望通过对A湖泊水葫芦治理污染工程审计案例的具体研究不仅可以有助于完善生物环境工程全过程跟踪审计理论体系,也可以有助于促进我国生态环境的建设,为打好生态环境攻坚战贡献一份力量。