扬子鳄(Alligator sinensis)是我国特有的珍稀濒危保护动物。虽然扬子鳄饲养种群近年来有了较大发展,但由于奠基者效应,已发现子代繁殖衰退的迹象。随着重引入工程的启动,正确评价扬子鳄种群的遗传多样性现状,从而制定更加有效的保护策略,已成为当务之急。 本研究利用磁珠富集法,筛选扬子鳄自身的多态性微卫星位点,同时利用这些位点对两个扬子鳄种群的遗传多样性和种群结构进行了比较分析,主要研究结果如下： 1.共挑取4000个克隆,检测后得到260个阳性克隆。随机抽取其中的150个克隆进行测序,其中92个序列可供设计微卫星引物,56对引物能成功扩增出预期大小的产物。对这56对引物进行多态性检测后,最终获得扬子鳄的11个多态性微卫星位点。 2.57只扬子鳄经以上11个多态性微卫星位点检测后,共获得31个等位基因,平均每个位点的等位基因数为2.82个。其中,有4个等位基因(Alsi05-1;Alsi06-1;Alsi07-1;Alsi10-1)为长兴本土种群所特有,1个等位基因(Alsi05-2)为美国重引入种群所特有。11个位点的平均多态信息含量(PIC)为0.384。 3.对所筛选的11个多态性微卫星位点进行了个体识别机率的有效性评估。结果显示,累计个体识别机率达到了0.9998,表明这些微卫星标记可被用于扬子鳄圈养种群的遗传谱系构建和重引入奠基种群的个体筛选。 4.利用8对跨物种的多态性微卫星引物进行了群体检测分析,其中6对引物得到了有效性扩增,从而加上之先前筛选的11个多态性微卫星位点,本文得到的扬子鳄父权鉴定概率达到了0.991,达到了预期的研究效果。 5.利用BAPS(Bayesian Analysis of Population Structure)软件在未知种群信息的前提下对57只扬子鳄个体进行类群分析,发现这些个体可以被划分为2个种群(长兴本土种群和美国重引入种群)。同时遗传混合分析显示,长兴种群和美国重引入种群虽然存在着一定程度的遗传差异,但是两者间出现了-定的混合。 6.微卫星分析结果显示,扬子鳄种群的遗传多样性较低,但长兴本土种群和美国重引入种群均具有自身特有的稀有等位基因。因此,基于保护扬子鳄这一极度濒危物种的遗传多样性之目的,作者建议在野外放归或重引入工程中,管理者以选取不同地域(种群)的个体组成扬子鳄的奠基种群为佳。