子午沙鼠(Meriones meridianus)作为蒙新动物地理区中分布最为广泛的啮齿类动物之一，其对栖息地依赖性强，是蒙新区生物多样性的重要指示物种。本文以子午沙鼠为研究对象，应用微卫星分了标记技术，对来自蒙新区14个样点的160个个体进行了遗传多样性、遗传结构及种群动态方面的分析，并结合地理距离以及环境因素，探讨我国蒙新区子午沙鼠种群地理格局形成的原因。　　 使用长爪沙鼠中筛选出的8个微卫星位点，共检测到180个等位基因(A)。多态信息含量(PIC)平均为0.912(0.872-0.929)，位点都呈现出高度多态性。而14个局域种群平均观测杂合度(Ho)为0.68(0.52-0.85)，平均期望杂合度(HE)为0.79(0.71-0.85)。这些结果表明该区分布的子午沙鼠种群整体上表现出高的遗传多样性水平，这可能是由于其历史种群所经历过长期的、严重的片段化以及地理阻隔，而产生的丰富的遗传变异及进化潜力。　　 根据对子午沙鼠14个局域种群的遗传分化分析表明各种群问便显出中的分化程度，但极为显著(FST=0.069，P<0.001)。经过贝叶斯聚类分析，以及构建基于Neis标准遗传距离(DS)的邻接(N-J)系统树，结果显示该区内14个局域种群可以分为三组，这与应用线粒体基因标记技术得到的结果相同。　　 分子变异分析(AMOVA)结果显示，组群间遗传变异为5.97％(FCT=0.060,P<0.001)，局域种群问遗传变异为3.83％(FSC=0.041，P<0.001)，局域种群内为90.20％(FST=0.098，P<0.001)。　　 通过检测种群的杂合度，对种群的突变-漂变平衡(Mutation-drift equilibrium)进行瓶颈效应分析，结果表明子午沙鼠在无限等位基因模型(IAM)下。表现出显著的杂合子过剩(P<0.05)。表明子午沙鼠种群存近期内经历过瓶颈效应，种群数量曾一度下降。　　 在地理距离隔离的Mantel检验结果显示，子午沙鼠两两种群问的遗传距离同地理距离之间没有显著的相关性(r2=0.0056，P=0.2700>0.0500)，局域种群间的扩散和基因交流并不受地理距离的影响。　　 通过多元线性模型对遗传结构形成原因的分析结果显示，经Sequential检验P=0.048(基于距离FST矩阵)，P=0.037(基于距离DS矩阵)，蒙新干旱区的海拔高度是影响种群遗传差异的关键因素。