进入新世纪，科学技术发展日新月异，经济的增长越来越依靠科学技术的进步。目前，世界各国综合国力的竞争已经表现为科技的竞争，科技创新已成为经济增长的重要源泉。新疆生产建设兵团是一个肩负特殊使命的特殊组织，如何加快新疆兵团的科技创新事业发展，提高科技创新对兵团经济社会发展与稳定的支撑作用，特别是对兵团“三化”建设的支撑作用。2007年，兵团党委提出建设创新型兵团的战略构想，加大力度进行创新型兵团建设，特别是加大了兵团科技创新的投入力度，评价创新型兵团的科技创新能力，已经成为一个具有理论和实践意义的重大问题。本文采用定性分析与定量分析相结合、文献分析与实证研究相结合的方法，对创新型兵团科技创新能力进行综合分析评价。分析了科技创新能力的概念、内涵，研究了科技创新的理论以及兵团科技创新发展的现状。在遵循指标体系构建的基本原则的基础上，结合兵团实际，构建了兵团科技创新能力评价指标体系和兵团大中型工业企业技术创新投入效率评价指标体系。查阅兵团2008年至2011年科技创新方面的统计资料得到评价指标体系的原始数据，运用因子分析中的主成分分析法对兵团整体科技创新能力和兵团科技创新能力结构进行了评价，运用数据包络（简称DEA）方法对兵团大中型工业企业技术创新投入效率进行了评价，分析了兵团科技事业建设中存在的问题，并为兵团科技事业的进一步发展提出积极的建议。