生命科学被誉为21世纪的最前沿科学之一。随着人类第一张基因序列草图的完成和发展，生命科学的研究正在进入一个崭新的后基因组学，即蛋白质组学时代。正如基因草图的提前绘制得益于大规模全自动毛细管电泳测序技术一样，借助于现代生物质谱技术，后基因组研究将得到迅猛发展。而现代分离技术和生物质谱的联用技术，极大地扩展了生物质谱的应用领域，正在成为生命科学研究中必不可少的技术支撑。 我们利用反相高效液相色谱-电喷雾离子阱质谱联用技术，研究建立了对N-磷酰化氨基酸与核苷混合反应体系中的单核苷酸，二核苷单磷酸和二核苷二磷酸等产物的HPLC／ESI-MS分离分析方法，并利用多级质谱技术建立了分析确证二核苷酸序列的质谱学方法，解决了没有标准样品无法确证生成二核苷酸序列的问题。在吡啶介质中，我们选择了四种最古老的磷酰化氨基酸与核苷反应，体系中观察到了单核苷酸，二核苷单磷酸和二核苷二磷酸等产物，并通过对其裂解规律和特征离子的研究，目标产物也得到了验证。结果发现，不同反应体系所产生的核苷酸种类和含量都不同，表明不同氨基酸与核苷混合液反应时存在着活性差异。该研究结果将为“磷酰化氨基酸为生命起源过程中核酸、蛋白质共同起源”学说，提供一定的实验数据和先进的研究方法。 我们还应用反相高效液相色谱-电喷雾离子阱质谱联用技术对兰索拉唑产品纯度进行分析和考察，并对兰索拉唑生产中产生的副产物进行了结构鉴定。实验结果表明此方法选择性好，灵敏度高，不需要标准对照品，操作简便。本研究为评价兰索拉唑质量提供了较好的检测方法，为优化兰索拉唑工艺提供了技术依据。