香蕉枯萎病是重要的毁灭性土传病害,由尖孢镰刀菌古巴专化型4号生理小种（Fusarium oxysporum f.sp.cubense race 4,Foc4）侵染引起。以微生物菌剂为核心的综合防控成为当前最主要的防控技术,为了提高微生物菌肥田间防控效果,改变传统地表裸露的耕作模式,研究香蕉秸秆覆盖模式下如何提高生防菌在土壤中的定殖和抑菌能力,从而达到提高防控效果的目的。基于此,本文以重要的热带水果香蕉及其重要病害香蕉枯萎病为研究对象,通过室外盆栽试验,模拟田间的香蕉秸秆原位覆盖,对不同处理模式下盆栽植株生长状况、根际土壤理化性质,作物、微生物结构差异进行研究,剖析有益有害微生物区系差异与作物病害发生的相关性,解析香蕉秸秆覆盖+复合微生物菌肥模式对香蕉枯萎病这一重茬土传病害发生的影响。为复合微生物菌肥及香蕉秸秆原位覆盖耕作模式在香蕉枯萎病防控中的应用与推广提供实践基础与科学依据,也对土传病害防控和提高热区农作物的产量提供一个新的方向。研究结果如下:（1）显微技术对复合微生物菌肥的重要组成部分的拮抗芽孢杆菌进行拮抗机理研究,通过扫描电镜观察发现菌肥有效成分拮抗芽孢杆菌的发酵液脂肽类粗提物致使Foc4表面粗糙皱缩畸形、分生节点膨胀畸形、孢子发育不全。通过透射电镜观察发现粗提物破坏了Foc4细胞膜、细胞器,裂解其细胞壁。（2）建立土壤拮抗芽孢杆菌脂肽类抗生素监测技术,对实验室保藏的20株芽孢杆菌（含有绿农林41号菌肥的有效成分X5等芽孢菌株）脂肽类抗生素基因进行PCR扩增,脂肽类抗生素基因的种类与丰度与病原真菌抑制能力呈正相关。其发酵液粗提物对Foc4具有高抑制力的芽孢杆菌均有合成Bacillomycin、Fengycin、Iturin、Surfactin抗生素相关基因。筛选引物对Bam A-F1/R1（250 bp）、Fen B-F2/R2（184 bp）、Itu C-F2/R2（200 bp）、Srf AA-F2/R2（164 bp）为半定量监测土壤中的脂肽类抗生素基因丰度的引物。通过对土壤基因组DNA扩增证明脂肽类抗生素合成基因PCR扩增可用于对土壤中Foc4具拮抗活性的芽孢杆菌的监测中可行。（3）通过盆栽试验,香蕉秸秆覆盖下施用微生物菌肥处理,其土壤脂肽类抗生素基因丰度显著高于仅施加菌肥的处理,这一现象说明,香蕉秸秆覆盖显著地增加了菌肥中有效成分（拮抗芽孢杆菌）在土壤中的定殖。而传统的涂板计数法无法直观体现土壤中有益芽孢杆菌的数量。（4）香蕉秸秆覆盖与下施用微生物菌肥拮抗菌在土壤中抑制病原菌、降低发病率:复合模式可以有效促进香蕉苗的生长发育,极大程度控制香蕉枯萎病病情,其病情指数仅为11.1,防控效果可以达到88.6%,显著高于仅施加菌肥处理和仅覆盖处理的防控效果71.66%、43.31%。（5）香蕉秸秆覆盖下施加菌肥还可以有效增加土壤肥力、调节土壤p H,使得该处理下的土壤有机质、速效氮等指标最高,秸秆覆盖可以有效缓解高温天气对土壤温度的影响,同时增加土壤肥力。总之,通过本文研究发现,施加菌肥可以有效增加土壤中可培养的芽孢数和细菌数,并对香蕉枯萎病病原真菌起到明显的抑制作用,覆盖处理能够有效促进菌肥发挥效能。因此可以在农业生产中,将菌肥与覆盖模式相结合是最佳的选择。