“双一流”方案是新时期的国家战略,已经成了高校在新时期展开建设工作的大背景、大环境,在“双一流”的战略规划之下,为了契合创新驱动的发展战略,高校人才培养的方法、学科建设的办法要随之而改变,与此同时也应当思考现有的高校组织架构是否能够完全适配新的社会发展需求。“双一流”方案提出面向全球争一流的目标要求我国高校的组织架构建设应当符合全球高校组织架构规律,同时,因我国高校当下的组织架构嵌入我国高校的现实制度环境之中,制度本身对于组织架构提出的要求也不容忽视,如何改进现有的架构使之能够支撑高校实现更好地运转,值得我们进行深入探析。目前已有的高校组织架构研究主要是基于高等教育学的理论框架,研究视角多从高校的角度出发,从政府治理高校的视角出发的较少。本文试图从政府的角度出发,首先借助嵌入理论的分析框架对我国高校现行的组织结构和运行机制进行分析,从政治嵌入性和文化嵌入性两个方面总结其特点;其次,将新公共管理理论的效益优先、竞争机制多样化等观点作用于对“双一流”方案的解读中,找出目前我国高校组织架构与“双一流”方案所提出的要求之间的差距以及存在的缺陷;再次,与世界一流高校的组织架构进行横向比较,遵从“双一流”方案的基本原则,对高校组织架构建设改革提出建议,以期建构更加完备的组织架构,使其能够更好的服务于大学的学术创新和人才培养职能。对于处于转型之中的高校而言,可以促进地域之间乃至全球之间的高校良性互动,推动政府在管理高校方面的有益探讨,也能够为政府在管理高校方面建言献策,更好的提升政府的行政管理水平。