生物制药是生物工程研究开发和应用中最活跃、进展最快的领域，被公认为21世纪最有前途的产业之一，起步于20世纪80年代的我国生物制药业，多年保持着较高的增长速度，已经形成一定的产业规模和市场竞争力，但仍存在着不同类别公司的业绩严重分化、以粗放型方式获取利润、入世后部分优势将消失等问题，我们在保持行业高速增长的同时，必须提高内部管理水平，增强核心竞争力，才能有实力与跨国公司竞争，这就需要企业建立健全内部控制系统，内部控制系统是保证企业正常运转与管理效益的前提与基础，然而，内部控制系统必须与企业的组织形式、业务流程、管理模式以及企业的经营环境有较强的融合性，才能充分发挥其功能。在现代经营条件下，内部控制系统如何适应生物医药行业市场发展的要求，如何满足现代企业组织方式、经营方式与管理目标的需要是全新的理论课题，也是加强与完善企业内部控制过程中面临的重大实务课题。同时，加强内部控制，不仅是提高企业管理水平，增强竞争优势的需要，也是解决当前会计秩序混乱、会计信息失真问题和维护所有者权益的重要措施之一。 本文旨在通过对生物制药业内部控制研究来发现运用中存在的问题和缺陷。以期构造市场经济条件下生物制药行业内部控制的理论框架与具有可操作性的控制方案，为内部控制规范与实践提供正确引导。 本论文共分为六章： 第一章说明研究内部控制的意义和本论文的研究思路、研究背景和研究方法，明确本论文的主要观点并说明本论文的结构安排。 第二章对企业内部控制相关管理理论进行评述，说明内部控制的发展历程与演变逻辑，对现有内部控制研究成果进行评价并指出存在问题。 第三章通过对生物制药行业分析研究，构建与完善生物制药企业内部控制系统第四章主要以ZW生物制药公司为例对内部控制模式进行研究。介绍ZW生物制药公司的基本情况，对ZW生物制药公司现行的内部控制现状进行分析，思考ZW生物制药公司内部控制存在的问题。 第五章结合对ZW生物制药公司内部控制环节、内部控制基础、再到内部控制的编制、评价考核进行现状分析，提出公司内部控制系统的框架。 第六章结束语提出对未来研究的展望。